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我正在使用 Singularity 3.0 并尝试从 DockerHub 中提取容器映像并在大学集群上运行它。我按照这个食谱开始了。

singularity pull --name rstudio-3.5.2.sif docker://rocker/rstudio:3.5.2
singularity exec --bind example-project-1/:/home/rstudio/ rstudio-3.5.2.sif rserver --www-port 8787

容器进程启动，但是当我尝试通过浏览器连接时，我收到以下错误日志。

01 Jan 2019 12:07:22 [rsession-pughdr] ERROR system error 30 (Read-only file system) [path=/home/pughdr/.rstudio, target-dir=]; OCCURRED AT: rstudio::core::Error rstudio::core::FilePath::createDirectory(const string&) const /home/ubuntu/rstudio/src/cpp/core/FilePath.cpp:846; LOGGED FROM: rstudio::core::FilePath rstudio::core::system::userSettingsPath(const rstudio::core::FilePath&, const string&) /home/ubuntu/rstudio/src/cpp/core/system/PosixSystem.cpp:486
01 Jan 2019 12:07:22 [rsession-pughdr] ERROR system error 30 (Read-only file system) [path=/home/pughdr/.rstudio, target-dir=]; OCCURRED AT: rstudio::core::Error rstudio::core::FilePath::createDirectory(const string&) const /home/ubuntu/rstudio/src/cpp/core/FilePath.cpp:846; LOGGED FROM: int main(int, char* const*) /home/ubuntu/rstudio/src/cpp/session/SessionMain.cpp:1689

似乎容器中的文件系统只是只读的。如何构建（或运行）容器以使容器的文件系统可写？

更新：

我能够让 RStudio Server 在大学集群上运行，如下所示。

singularity exec --home my-project-directory rstudio-3.5.2.sif rserver --www-port 8787

这似乎可行，因为 Singularity 会自动将主机上的用户主目录挂载到容器中，并且我将我的主目录重新定义为my-project-directory在上面。

但是我仍然无法将 R 包安装到容器中，因为文件系统不可写。

> install.packages(c("plyr", "dply", "tidyr", "ggplot2"))
Installing packages into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages :
  'lib = "/usr/local/lib/R/site-library"' is not writable
Would you like to use a personal library instead? (yes/No/cancel) cancel
Error in install.packages : unable to install packages

最初的问题仍然存在：如何创建具有可写文件系统的 Singularity 3.* 容器？如果这是不可能的，将不胜感激解释为什么。

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阅读这篇文章，显然有一个解决包安装问题的方法：

在你的主目录中创建一个.Renviron文件并设置R_LIBS_USER如下：

# User-installed R packages go into their home directory
echo 'R_LIBS_USER=~/R/%p-library/%v' >> ${HOME}/.Renviron

这为我解决了包安装问题。

于 2020-09-01T20:24:17.037 回答
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在您的容器中尝试 --writable 标志：

singularity build --writable rstudio-3.5.2.sif docker://rocker/rstudio:3.5.2

singularity exec --writable --bind example-project-1/:/home/rstudio/ rstudio-3.5.2.sif rserver --www-port 8787
于 2019-01-01T17:31:03.557 回答
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您可以使用 --sandbox 选项创建沙盒文件夹。

您也可以为奇异 2.5 创建一个虚拟机/流浪者

于 2019-08-01T17:43:01.677 回答