奇点 -B 用于挂载一些目录，以便可以在奇点容器内使用这些目录。但是，我想排除一些目录。例如，我想使用singularity shell -B /foo/ bar.simg 来访问/foo

但我想在容器中排除 /foo/foo1/ 。有没有办法解决这个问题？

我想在各种图像中执行命令。我使用一个简单的forbash 循环。

我希望脚本打印该目录中所有图像的 os-release 信息。相反，它打印第一个的信息并返回提示。如果我运行fg命令，则执行下一个图像中的命令，依此类推。对于 n 图像，我必须运行fg命令 n-1 次。

有趣的是，如果我用 替换命令timeout 10 singularity exec $i cat /etc/os-release，它会继续，但不会在容器内运行命令。

目标

目的是创建一个安装一些包的奇异容器，然后从 git repo 克隆一个自定义包并制作它。用户需要获得使用自定义包的权限，理想情况下它将位于奇异用户的主目录中，但这似乎比我预期的要困难。

奇点几乎总是以外壳的形式启动，它包含一组麻烦的自定义包，并以可重复、可共享的方式从它们生成结果。

问题

克隆 git repo 似乎很好，但我可以把它放在用户甚至可以看到它的唯一地方/github_repo，它始终归 root 所有。

我无法将它获取到用户的主目录，因为在%post变量期间$HOME似乎没有指向用户的主目录，它指向/root，然后创建的对象属于 root。事实上，虽然/home确实存在，但它是空的，似乎用户还不存在。

我试过克隆/github_repo然后添加

到%post. 容器可以构建和运行，以及何时运行；

所以它可以看到文件和文件夹的名称，但看不到它们的权限？我什至不知道这是可能的。如果我不搞乱其中的权限，%post那么它就是root拥有的一个完全正常的文件。

食谱

这是我到目前为止所拥有的，您应该会发现它可以构建并运行。如果你想运行它，将 recipy 保存为 example.def 然后执行

然后尝试

例子.def

我从 docker image 构建了奇异容器kfoltynski/shinyproxy-demo:singularity。当我跑

闪亮的应用程序可用localhost:3839，但在运行奇异容器作为实例之后

它不是。为什么？

重现步骤：

Dockerfile：

奇点定义/配方文件Singularity.recipe：

构建奇点图像shiny.simg：

运行容器：

将容器作为实例运行：

为什么将奇异容器作为实例运行时应用程序不可用？

我已经成功地在我的集群上执行了一个程序，使用

我已经my_program使用 Singularity 进行了容器化并制作了my_program.simg. 该容器还包括与主机相同版本的 OpenMPI。我想让集群中的节点执行 Singularity 容器，所以我尝试了：

但是，这失败了：

我假设我需要向容器公开一些东西，以便它知道如何与 MPI 世界对话。是否有我需要绑定到容器中的套接字，或者我需要设置的环境变量，或者类似的东西？

Singularity 文档表明无需额外操作。

这个 GitHub issue可能有很好的建议，我会尝试的。

问题

我的奇点容器中的一个包中的一个配置脚本包含这个（对我来说）完全合理的 bash 来修剪/路径的尾随；

它在我的机器上本地运行良好，但是当从%post奇异容器的部分运行时，它会以Bad substitution. 出了什么问题，正确的解决方法是什么？

最小的工作示例

将下面的文本另存为badSubs.def然后尝试；sudo singularity build badSubs.sif badSubs.def.

我正在使用 Singularity 容器从 Nextflow 工作流管理系统运行命令。我在 Singularity 中有一个 conda 环境，当我进入容器时可以激活它

当 Nextflow 执行时，我已经定义了source activate pcgr我认为应该激活 conda env 的位置。但我收到unbound variable HOST警告。我认为这与不激活和随后使用如果环境被激活（？）应该定义的变量有关。

我希望容器在执行时激活 env (pcgr)。我试过了

和

但这对我不起作用

我看不出这是如何完成的，但假设这很容易而且我在很大程度上忽略了一些东西！

帮助表示赞赏。

我希望能够在 Visual Studio 代码的奇点图像中使用 python 解释器。

似乎将 VSC 指向 python 解释器的所有选项都涉及直接路径，但在图像中使用 python 需要一个命令：

我试着把它放在 VSC settings.json 文件中：

没有运气，从 VSC 运行任何 python 代码在这里使用 python 解释器：/usr/bin/python3

我正在尝试在 AWS EKS 上使用 Snakemake，在奇异容器中运行 shell 命令。如果我理解正确的话，Snakemake 然后由 kubernetes 作为容器本身运行，所以我会在 Pod 中运行一个奇异容器。我在 Snakefile 的同一文件夹中有一个 ubuntu 图像。如何告诉 Singularity 图片的存储路径？

我尝试运行在 DockerHub 中指定图像的工作流，它运行良好。但是，如果我指定 --kubernetes 标志，我无法使其与存储在我的 EC2 实例中的图像一起使用（如果我在没有 --kubernetes 的情况下运行它，它也可以与本地图像完美运行）。我尝试在 EC2 实例上指定图像的路径，但它不起作用。

我的 Snakefile 看起来像这样：

我使用以下命令运行 Snakemake：

所需的输出是在指定的 s3 存储桶中创建的文件“out.txt”，其中包含有关“ubuntu.sigm”容器的操作系统版本的信息。实际结果是一个失败的工作。如果我检查

我得到错误：

有同样问题的人吗？

我使用奇点，我需要在我的奇点容器中安装一个 nvidia 驱动程序，以便使用 gtx 1080 进行一些深度学习。这个奇点图像是从这里的 nvidia docker 创建的： https ://ngc.nvidia.com/catalog/containers /nvidia:kaldi并转换为奇点容器。我认为没有 nvidia 驱动程序，因为在我安装驱动程序之前未找到 nvidia-smi。

我做了以下命令：

之后我想看看驱动程序是否安装好，我执行了以下命令：

返回：无法初始化 NVML：驱动程序/库版本不匹配

我搜索了如何解决这个错误，发现这个主题： NVIDIA NVML Driver/library version mismatch

一个答案说要执行命令：

然后在除 nvidia 之外的每个上执行 rmmod，最后到 rmmod nvidia。

但是当我这样做时，由于主题除外，我有错误：rmmod：错误：模块nvidia正在使用中。

该主题说要点击 lsof /dev/nvidia*，并终止使用该模块的进程，但我没有看到任何写有 drm 的内容，并且终止进程似乎是一个非常糟糕的主意（Xorg，gnome-she） .

这是命令 lsof /dev/nvidia* 的答案，后面是命令 lsmod | grep nvidia，然后 rmmod drm 重新启动计算机也没有用。

我应该怎么做才能使用 nvidia-smi 进行管理并能够从奇异容器内部使用我的 GPU？

谢谢