问题标签 [singularity-container]

我正在运行以下内容job_script.sh：

使用sbatch命令（这是长时间运行的工作）：

我想要实现的是在运行容器中执行命令，该容器在以下 slurm 作业中运行：

我是奇点的新手，正在设置我的第一个容器。我想将容器设置为仅运行一种类型的分析，其中用户可以提供 3 个参数（即文件名）。我想对提供的 3 个文件应用许多命令。我的问题是如何设置容器，以便默认操作（即 %runscript 或类似操作）以某些参数的形式获取用户输入并执行所需的分析。

在用户端，他们会运行类似： singularity run -B /path/to/files the_container.simg file1 file2 file3 并且可以应用我在容器中拥有的工具套件。我想做的一个玩具例子是这样的：

推荐的方法是将容器包装在脚本中，以便我要运行的命令只是单独传递给容器吗？理想情况下，我希望用户界面对用户隐藏（或至少不明显），因为想法是使用容器在多个中心创建可重现的结果，我们不希望人们修补参数在容器将提供的每个步骤中。

谢谢大家！

我们希望提高我们研究所分析的可重复性。为此，我们考虑实现一个基于Singularity的系统。这个想法是，在分析开始时，用户可以选择一个机器配置（以后必须可以修改），直到项目完成。然后，图像与分析一起存档。理想情况下，用户不必在此过程中发出系统管理命令（安装软件包等）。

她只是提出一个请求，比如“我需要 R 和 tidyverse 和 Python 3 以及这个和那个内部包”，然后她得到一个命令，她可以使用 ssh 进入具有这些功能的奇异容器。当她提出新请求时，她会获得最新版本的程序，但一旦部署了容器，这些版本就不再更改。

当我想到多个用户将需要不同的软件组合这一事实时，这变得很棘手。我是否需要为软件和软件扩展包的每个组合提供映像？如果我只想到用户可以选择任意组合 {R, Julia, Python, r-tidyverse, r-data.table, r-whatever-genomic-analysis-package-on-bioconductor, python-. ..}

• 血管中有没有特征选择方法

  这样用户可以

  并开始/继续工作？

• 如果没有，是否有另一种方法可以使用奇异性向用户提供自定义机器配置？

我可以找到Singularity Compose，但这似乎只是将多个容器作为彼此相邻的服务运行。所以图像可以保持分开。我必须合并它们。

从IBM 的 PowerAI TensorFlow docker 容器开始，我尝试在我的 Power 9（ppc64el 平台）上构建一个带有附加包的奇异容器。使用 apt 安装包我得到了很多丢失的包，阻止我安装我的包。

我已经尝试过使用--fix-missing似乎没有效果的选项。

这是 ubuntu 18.04 的问题还是我做错了什么。

我一直在我的一些工作流程中使用奇异性，到目前为止效果很好。我有一个关于绑定目录的问题。我可以在运行snakemake工作流程时传递奇点参数，例如：

snakemake --use-singularity --singularity-args "-B /path/outside/container/:/path/inside/container/"

有没有办法让绑定特定于规则？

谢谢。

我正在尝试使用配方制作新的奇点，但它一直失败。我将它链接到我的 github，所以当我提交它时，它将自动构建和编译，以便该部分正常工作。但是它一直给我这样的错误。

我尝试了各种方法，但看不到让它发挥作用。这是我的食谱文件，我确信这有问题。

哦，我将其发布到https://singularity-hub.org网站

这是实际的帖子 https://singularity-hub.org/collections/3942

更新：

所以这行得通。但我还需要其他库。我该如何安装它们？

当我.sif使用 Singularity 版本 3.2.0 从沙箱文件夹创建图像时，在另一台使用 Singularity 版本 2.6 的计算机上运行时收到以下错误：

所以问题是：

有没有办法用版本 3 构建与版本 2 兼容的 Singularity 图像？

我正在尝试在centOS linux. 为此，我制作了以下 Singularity.recipe：

然后我使用这个命令来构建图像：

但我给出了这个错误：

你知道如何解决这个问题吗？

我正在尝试使用以下文件（即Singularity.recepie）为奇点制作图像：

我使用以下命令构建图像：

并使用以下命令运行映像：

当我运行图像时，它可以工作，但我没有在我正在处理的目录中看到结果文件。你知道我怎样才能得到结果并将它们复制到我的当前目录吗？

我已经制作了singulaty图像并运行它。它工作得很好，因为当我使用这个命令查看容器时：

我可以看到输出。所以问题是，如何将文件从容器复制到本地目录？