问题标签 [singularity-container]

我有一个目录（/home/user/data），我需要将其绑定到奇异容器中的 /data。所以像：

但是在主机上已经有一个 /data 目录。我知道 --contain 参数允许我不共享主机文件系统，但我只需要“屏蔽”主机 /data 目录即可将主机 /home/user/data 绑定到容器的 /data。有没有办法做到这一点 ？

谢谢

我正在结合 Singularity 和 Snakemake 来为一些测序数据创建工作流程。我在这个 git 项目https://github.com/sci-f/snakemake.scif之后建模了我的管道。不使用 Singularity 的管道版本运行良好。使用 Singularity 的版本总是在第一条规则之后停止，并出现以下错误：

然而，该目录确实创建了 fastp 和 fastp_report 目录以及日志目录。我尝试将延迟增加到 50 秒，但我仍然得到同样的错误。

关于在这里尝试什么的任何想法？

我有以下奇点容器配方：

我用 Singularity 构建容器如下：

sudo singularity build swish.simg Singularity.swish

依赖项的安装和大部分构建都正常，直到我遇到source not found. 重申这个问题以及我尝试过的方法：

• 我正在从食谱中构建一个 Nipype 图像。在 %post 中，我想在“neuro”conda 环境中安装两个额外的软件包（seaborn 和 pybids）。
• 但是，当我尝试在 %post 中激活神经环境（“source activate neuro”）时，我不断收到一条错误消息，提示找不到命令“source”。
• 我想用 bash 运行 %post 中的命令，但不确定在哪里指定它。

阅读文档，似乎挂载和绑定都可以让您访问您选择的文件系统。有什么区别，为什么有人想做一个与另一个？

此外，文档讨论了“绑定安装”：

“默认情况下，奇异绑定会在运行时将 /home/$USER、/tmp 和 $PWD 挂载到您的容器中。” 这是一回事吗？

我尝试从 Singularity Hub 构建一个奇点容器，如下所示：

sudo singularity pull shub://marcc-hpc/pytorch

我得到了 ERROR : Called singularity_config_get_value on uninitialized config subsystem。

所以，我将配方复制粘贴到一个名为“recipe”的文件中，然后执行

sudo singularity build --sandbox myimage recipe

它以 33.3% 的完成率永远挂起，如下所示：

然后，我想我会尝试获取 hello world 容器：

singularity pull --name meatballs.img shub://vsoch/hello-world

...我得到了同样的错误信息。

有谁知道这个错误是什么意思，为什么我不能让它运行？

我在拥有完全权限的服务器上构建了一个沙盒奇点容器：
sudo singularity build --sandbox myimage myrecipe.

我将其移至另一台服务器。

当我运行时：

singularity shell myimage

我可以访问外壳。

但是，当我运行时：

singularity shell -w myimage

我得到： ERROR : Base home directory does not exist within the container: /home

这是什么意思？我是否正确地假设这是因为-w沙盒图像已经是可写的，所以这是多余的？

我有一个安装了简单 Ubuntu 的 Singularity 容器：

当我“进入”容器时

我没有得到以下结果：

但是在我的主机系统上，我得到：

我正在使用--nv基本上应该使用主机系统中的 NVIDIA 图形的选项，因此这应该是相同的吗？

笔记

主持人：4026 客人：1602

我正在尝试将 Snakemake 与 Singularity 结合使用，我注意到awk使用奇异性时，一个简单的命令不再起作用。最后$1一行中的 bash 被替换，而不是被用作第一个字段awk。

这是一个最小的工作示例（Snakefile）：

当我在snakemake没有奇点的情况下运行时，输出test.txt看起来像预期的那样（仅包含用户名）。当我运行时snakemake --use-singularity，该文件包含整行，例如root:x:0:0:root:/root:/bin/bash.

这是来自 Snakemake 的日志：

我在终端的 RedHat 上使用以下工作流程：

• 打开一个奇点图像：

singularity run /mn/sarpanitu/singularity/test/fenics-and-more.img

• 导出奇点内的一些显示：

export DISPLAY=:0.0

• 在奇点内导出到gmsh的路径：

export PATH="$HOME/Downloads/gmsh-git-Linux64/bin:$PATH"

我想把所有东西都写成 bash 脚本。我的第一个（不工作）方法如下（全部在一个singularity_script.sh文件中）：

我通过采购然后调用函数来执行它：

但是，当然，这不起作用，因为导出是在父终端而不是子奇点中完成的（我认为？）。所以我没有以奇异的方式正确导出显示和路径。

有任何解决这个问题的方法吗？我想解决方案是在容器启动时自动运行容器内的脚本，但如何简单地做到这一点？

我知道如何运行奇点：

有没有办法做一行（或更多）来运行上一个命令，然后在奇异运行echo "hi there"？（当然，我会在生产中使用比 hi 更复杂的东西）。完成此操作后，我希望我的奇点仍然完好无损，可以交互使用。

所以类似于以下意图：

或者