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我创建了一个局部奇点图像,例如:

singularity pull --arch amd64 library://library/default/ubuntu:18.04
sudo singularity build --sandbox cellranger.img ubuntu_18.04.sif 

但是我通过运行得到了两个警告singularity shell

sudo singularity shell --writable cellranger.img
WARNING: Skipping mount /etc/localtime [binds]: /etc/localtime doesn't exist in container
WARNING: Skipping mount /data/github/singularity [cwd]: /data/dz33/github/singularity doesn't exist in container
Singularity>

/data/github/singularity当前目录在哪里。

我想知道为什么要跳过目录进行挂载(如果我正确理解警告)。一些建议?

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当您尝试将文件或目录挂载到映像中而没有具有该名称的文件/目录时,会出现该警告,并且您使用的是不支持覆盖的旧内核或使用--writable标签。请参阅有关该--writable问题的文档,这就是您所拥有的。

图像中的缺失/etc/localtime有点奇怪,但您可以cwd使用以下方法解决安装问题-H $PWD:/home:这会将当前目录挂载到/home并将其用作您的$HOME.

于 2020-02-25T08:38:50.043 回答