问题标签 [nextflow]

当我使用 nextflow 提交作业时，其中一个进程失败，文件损坏。显然，我可以从工作列表中删除该文件，但我不希望将来在扩大规模时发生这种情况。默认情况下，这会停止所有其他进程 (9) 的运行，并且 nextflow 作业完成。

我如何阻止这个失败的工作影响其他工作？

这确实是一个 Nextflow 问题。我有一个产生许多文件的过程，有些是空的。我需要检测哪些和下一个过程应该跳过处理它们。看起来很简单，但是代码：

效果不好。工作目录中的输入文件是符号链接，因此它们不是空的......关于如何跳过处理空文件的任何想法？

我试图创建一个条件管道 NextFlow。例如，

进程 A 向通道输出一个值。如果值为 1，则运行 X，否则运行 Y。

这是我想做的事情：

假设 foo 和 bar 是等效的，但实现不同（例如，一个将电影从 AVI 转换为 h.264，另一个从 MOV 转换为 h.264）。我想要另一个进程，比如 C，它可以从 Bar 或 Foo 读取，而无需对触发器一无所知。但是，如果我在 Foo 和 Bar 中使用相同的输出通道名称，nextflow 会抱怨。

我正在尝试获取 GIAB 数据索引文件（它们是 CSV），并在 Nextflow 中下载每个文件。我认为我的总体结构是正确的，但是当我运行时nextflow run file.nf没有任何反应。

产生的日志文件如下：

有什么想法我在这里做错了吗？nextflow 的输出都不是很有启发性。

我在 Nextflow 中有一个进程，其中包含来自 Channel.FromPath() 的多个输入文件。

这是我的脚本：

我想知道我的进程是否并行化？例如，如果它同时在 2 个文件上运行？还是我需要在我的脚本中指定它？

我阅读了文档，但没有具体说明。而且我不知道如何测试。

我在 python 中有一个脚本，它将文件保存在特定目录中。

例如这个名为“write.py”的代码：

所以我在“project/src”中执行我的脚本，这个脚本的输出在“project/results/txt/”中。

这里是“project/”中的脚本 Nextflow 示例：

"../../../" ==> 退出工作目录

但是 nextflow 返回它没有找到“projet/results/txt/output.txt”。

那么如何向 Nextflow 指示脚本的输出在哪里呢？

我有这个过程：

我的第二个过程有问题，Nextflow 没有找到我的 python 脚本。

这是我的目录（我不在 HOME，我在 project/ 中。所以它不是我在 HOME 中的“bin”）：

我的 python 脚本在 bin 中，就像 Nextflow 文档所说的那样。

但 Nextflow 似乎在工作中搜索它。

如何让 Nextflow 在 bin 中查找脚本？

我有一个A将文件输出到通道的过程outA。我想将该文件用作 3 个下游进程的输入B，C并且D. 由于outA创建的通道默认为队列通道，因此我不能多次直接使用该文件（与价值通道不同）。

目前，我使用into运算符复制通道，如此处outA所述（参见下面的代码）。

我也知道您可以通过执行从文件创建价值通道Channel.value(file('/path/to/file.txt'))。

我的代码目前：

我工作正常，但我想知道是否可以将队列通道outA转换为值通道，以便我可以使用相同的通道作为进程 B、C 和 D 的输入。

我有几个上游进程，比如 A、B 和 C，在做类似的任务。在它的下游，我有一个进程 X 需要以相同的方式处理 A、B 和 C 的所有输出。

我尝试使用“混合”运算符从 A、B 和 C 的输出文件创建单个通道，如下所示：

进程 A 经常在 B 和 C 之前完成，不知何故，进程 X 不等待进程 B 和 C 完成，而只将 A 的输出作为输入。

我制作了我的管道，我想在每个过程之前打印一个关于所执行内容的简短描述。

我基本上试图在脚本中的每个进程之前添加一个“打印”。当我运行管道时，它只是首先打印出所有描述，然后进程开始执行。

我做了什么 ：

我得到什么：

我想要的是 ：