问题标签 [nextflow]
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input - 寻找一种好的输出格式来使用从 Nextflow 的新脚本/进程中的文件中提取的值
主题：寻找一种好的输出格式来使用从 Nextflow 的新脚本/进程中的文件中提取的值
我似乎无法弄清楚这一点：
我正在 Nextflow 中编写一些进程，其中我从 txt.file (PROCESS1) 中提取一个值，并且我想在第二个进程 (PROCESS2) 中使用它。值的提取没有问题，但找到合适的输出格式是。问题是，当我将标准输出（OPTION1）保存到频道时，似乎附加了某种“/n”，这在我的第二个脚本中产生了问题。
或者，因为这不起作用，我想将 PROCESS1 的输出保存为文件（OPTION2）。这也没有问题，但我找不到在 PROCESS2 中读取文件内容的正确方法。我怀疑它与“getText（）”有关，但我尝试了几件事，但都失败了。
最后我想尝试将输出保存为变量（OPTION3），但我不知道该怎么做。
过程1
过程2
选项 1 后的过程 2 脚本（备注：输出 = 573，布局未更改）
谢谢您的帮助！
pipeline - 如何将流程输出发送到 Nextflow 中的多个通道？
我正在实施一个 Nextflow 工作流程，其中每个流程都可以提供不同流程下游可能需要的多个输出。
Nextflow 文档指出，operator into 可以使用多个通道，并将通道复制作为一种模式进行推广。
然而，这些选项似乎都没有在流程原语中起作用，并且没有记录多通道输出：
在此答案中找到的模式（语法错误）：
将输出重复到重复的通道中（一个通道为空）：
在多个通道中使用输出的正确方法是什么？
bioinformatics - 如何将多个队列通道与 Nextflow 中的值结合起来？
我想在 Nextflow 上的先前流程的相同输入上使用不同的变量多次运行分析：
哪种是重用具有不同值的元数据和文件的正确方法？
perl - 有没有办法从 .tab 文件中获取字符串以用作 Nextflow 中的变量？
作为我正在尝试创建的管道的一部分，我需要从作为 .tab 结果文件的进程中获取输出，以用作在 Nextflow 中运行一系列进一步的条件进程的变量。我可以在 Perl 中使用类似下面的方法来管理它，尽管我似乎无法将变量添加到 Nextflow 脚本中：
有没有办法将变量 $topidentity 用作 Nextflow 中的变量，或者可能以不同的方式在 Nextflow 中运行类似的脚本以生成相同的变量？
python-3.x - 如何在 Nextflow 中运行 Python 脚本
我是 Nextflow 的新手，我尝试在 Nextflow 中运行 Python 脚本。因此，我将 Python 脚本存储在与 Nextflow 管道相同的文件夹中并尝试运行它，但我总是收到此错误：.command.sh: line 2: ./example.py: No such file or directory. 有没有人遇到过同样的问题并且有能力解决它？
我的流程如下所示：
PS：我的 Python 脚本可以从终端执行！
先感谢您！
groovy - Nextflow 将提交的输出显示为空
我有一个带有 4 个进程的 NextFlow 管道。每个进程都在获取前一个进程的输出。说，这是manin.nf文件，
当我执行工作流程时，
表明，
我所期待的是，
我的进程two将同时运行，ukb_SPB_50k_exome_seq_filtered以及ukb_FE_50k_exome_seq_filtered来自 process 的输出one。目前，它仅在执行ukb_SPB_50k_exome_seq_filtered.
该过程one正在生成2个输出文件。不知何故，该过程two无法识别那个。
我想知道提交的流程显示为空的潜在原因是什么？
非常感谢任何建议或帮助！！！
groovy - 如何将来自两个不同列表的输出传递到下一个流程中的连续流程
假设我有两个过程。
pling_1 进程的结果是两个元素列表，
因此，ping_2不是我无法一口气处理。仅从第二个列表中获取和省略。在这种情况下，我怎样才能同时传递和传递给进程？SPB_50k_exome_seqFE_50k_exome_seqbase = bed.baseNameSPB_50k_exome_seqFE_50k_exome_seqSPB_50k_exome_seqFE_50k_exome_seqpling_2
非常感谢任何帮助或建议。
谢谢
dictionary - 平面地图中的 Groovy 字符串操作
我正在为恰好使用 groovy 的 Nextflow 工作流程编写一些代码。
我有一个包含以下参数的 JSON 配置文件：
而我需要做的是制作条形码地图：laa_params。目前我这样做：
这给了我这些结果：
我最终需要的是：
我怎样才能做到这一点？我是 groovy 的新手，但可能只是在地图上做一个 for 循环并将 = 替换为“”？任何帮助，将不胜感激！
gzip - 使用 Nextflow 压缩文件时出现问题
我尝试在 Nextflow 管道中压缩后缀为“.js”的文件。我的问题是“result.tar.gz”存档只包含指向原始文件的软链接，而不是实际文件。
有人知道这个问题的答案吗？
我的示例代码：
先感谢您。
java - 无法通过 conda env 访问 jarfile
我通过 conda 下载了一个名为“beagle”的 java 软件（已经安装了java-jdk和java ）。当我运行 Nextflow (NF) 管道（在 NF 的过程中使用软件）时，它说：
无法访问 jarfile beagle.24Aug19.3e8.jar
我激活了 conda env，检查了软件的位置，它在
<conda_env>/share/beagle-5.1_24Aug19.3e8-0/beagle.jar
示例用法是这样的：
所以，我的命令是正确的。我尝试了 NF 过程中的所有组合，例如：
- java -jar /share/beagle-5.1_24Aug19.3e8-0/beagle.jar
- java -jar beagle.24Aug19.3e8.jar
- java -jar beagle.jar
- java -jar /share/beagle-5.1_24Aug19.3e8-0/beagle.24Aug19.3e8.jar
我错过了什么？为什么无法访问？谢谢！
干杯，