perl - 有没有办法从 .tab 文件中获取字符串以用作 Nextflow 中的变量？

Question

作为我正在尝试创建的管道的一部分，我需要从作为 .tab 结果文件的进程中获取输出，以用作在 Nextflow 中运行一系列进一步的条件进程的变量。我可以在 Perl 中使用类似下面的方法来管理它，尽管我似乎无法将变量添加到 Nextflow 脚本中：

my $resultsfile = 'path/to/resultsfile';
open (RESLIST, "<$resultsfile") or die$!;
my @resultlist=<RESLIST>;
$LINE = $resultlist[1];
close RESLIST or die$!; 
my @topresults = split ("\t", $LINE);
my $topidentity = $topresults[5]; 
chomp $topidentity

有没有办法将变量 $topidentity 用作 Nextflow 中的变量，或者可能以不同的方式在 Nextflow 中运行类似的脚本以生成相同的变量？

Answer 1

一个 groovy oneliner 应该这样做，例如：

file('your-file.tab').text.readLines()[1].tokenize('\t')[5]

（没有测试它并迅速从你的 perl 脚本中改编。它可能需要更多的改编）