问题标签 [nextflow]

我是 nextflow/groovy/java 的新手，我在一个简单的正则表达式任务中遇到了一些困难。

我正在尝试更改某些文件对的标签。我的理解是fromFilePairs返回表单的数据结构：

我进一步认为：

• 对该列表中的项目调用时的.name方法将给出名称，我在上面标记为common_prefix
• fromFilePairs与设置文件对的名称一起使用的闭包返回的值。
• it与使用的闭包中的值fromFilePairs是文件对列表中的单个项目。

但是，我在以下方面尝试了许多变体，但均未成功：

我还使用该replaceAll方法尝试了一些变体。

我已经查阅了 nextflow、groovy 和 java 的文档，但我仍然无法弄清楚我缺少什么。我希望这是一些愚蠢的语法问题或对数据结构的误解，但是当对于更了解该语言的人来说可能很明显时，我已经厌倦了用头撞它-我会很感激任何能启发我了解它的工作原理的人.

我有一个从文本文件创建变量的 nextflow 脚本，我需要将该变量的值传递给命令行命令（这是一个 bioconda 包）。这两个过程发生在“脚本”部分中。我尝试使用“$”符号调用变量而没有任何结果，我认为是因为在 nextflow 脚本的脚本部分中使用该符号是为了调用在输入部分中定义的变量。

为了让自己更清楚，这里是我想要实现的代码示例：

通过 doig 这个我收到的错误是：

有没有办法parameter在脚本中调用变量而不用 Nextflow 将其解释为输入文件？提前致谢！

我对 nextflow 有疑问，我有一个包含 3 个元素（id、fastq_File、out_file）的元组，我需要将一个新文件加入每个元组元素（所有元组元素都使用相同的文件）。

好吧，首先我有一个fastq，我把它分成块，并在我有一个进程（示例中的简单进程）之后用它们的id映射，但是这个进程将id与其他文件一起返回。

我加入频道并获得如下信息：

现在，我有一个带有我的 id 的通道、fastq 文件和进程 pr1 的输出，这对我来说非常完美，但现在这是问题所在，我需要创建其他进程以使用静态文件运行。我需要每个 id 都使用 static_file 运行，但我不知道该怎么做。我需要一个类似这样的新频道：

或者我需要一个在每次运行时重复静态文件的进程。下面的代码仅与元组中的第一个元素一起运行:(（我尝试了每个但都不起作用。

谢谢！！

我正在努力在containsAll()语句中使用 if/else。它在使用 测试时返回正确的true false值println()，但是当放入if语句时，它似乎总是评估为真——见下文。

两个不同文件的控制台输出，一个在“条件”列中带有“控制”，一个没有“控制”，这是函数的要点。

使用collect()而不是toList()其中的每个项目condition_values都用单引号括起来也不能解决问题。线索可能就在其中，DataflowInvocationExpression但我还没有跟上 Groovy 的速度，也不知道如何继续。

考虑一个使用 Google Life Sciences API 并使用抢占式机器的 nextflow 工作流。配置可能如下所示：

假设您只有一个进程，并且该进程具有指令maxRetries = 5。重试五次后（=第 6 次之后），该过程将被视为失败。

是否有可能在 nextflow 中指定在一定次数的重试失败后，nextflow 应该请求一个不可抢占的机器并继续重试几次？

我正在尝试使用 Dockerfile 构建自己的 docker 映像。但是，Docker 映像有问题。这是我的码头文件。第一次，它说成功构建了图像；但是，某些软件包无法正常工作（例如权限被拒绝和命令未找到等错误），因此我决定删除所有图像和容器以重建此图像。它一直说使用缓存而不是重新安装所有软件包。当我使用这个 docker 时，它一开始就失败了。

我正在尝试在 Nextflow 管道中运行 Rscript。这个 Rscript 有一个包“ggolot2”。

我有这个错误：

库中的错误（ggplot2）：没有名为“ggplot2”的包，执行停止。

为什么我会收到这个错误？

这是代码：

我想使用 Nextflow 创建将由 Slurm 作业调度程序执行的奇点组件管道。我创建了一个简单的作业来运行一个任务：

作业成功执行并给出退出状态 0，但 Nextflow 出现“缺少 'stdout' 文件”错误。有完整的输出：

我找不到任何解决方案来解决这个错误:(

更新：使用 slurm 的 --workdir 参数会导致该错误。我只是使用“cd”命令来更改路径，它解决了我的问题。

我在一个名为$stat_val_result_command. 我想 -Xms1g在文件末尾添加参数，这样应该是这样的：

但是，我想在追加后运行这个命令。我在一个名为“nextflow”的工作流系统中运行它。我绑了很多东西，包括关注，但它不起作用。检查默认情况下在 Bash 中运行的脚本部分：

我正在尝试枚举通道中的文件以在使用之前重命名它们collectFile：

但是最新的文档说merge频道的运营商已被弃用，但没有指出应该使用的任何替代方案。我可以用什么代替merge？