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我对 nextflow 有疑问，我有一个包含 3 个元素（id、fastq_File、out_file）的元组，我需要将一个新文件加入每个元组元素（所有元组元素都使用相同的文件）。

好吧，首先我有一个fastq，我把它分成块，并在我有一个进程（示例中的简单进程）之后用它们的id映射，但是这个进程将id与其他文件一起返回。

reads = Channel.fromPath( 'data/illumina.fastq' )
.splitFastq(by: 150_000, file:true)

 reads.map { it -> [it.name -  ~/\.fastq/, it] }
            .into{tuple_reads ; tuple_reads2}

process pr1 { /*is an example my real process is more complex*/
echo true

input:
tuple val(id), path(file) from tuple_reads

output:
tuple val(id),  file("example${id}.out") into example_test

script:
"""
echo example${id} > example${id}.out
"""
}

readss = tuple_reads2.join(example_test)

我加入频道并获得如下信息：

[illumina.1, /home/qs/work/../illumina.1.fastq, /home/qs/work/../exampleillumina.1.out]
[illumina.2, /home/qs/work/../illumina.2.fastq, /home/qs/work/../exampleillumina.2.out]
[illumina.3, /home/qs/work/../illumina.3.fastq, /home/qs/work/../exampleillumina.3.out]

现在，我有一个带有我的 id 的通道、fastq 文件和进程 pr1 的输出，这对我来说非常完美，但现在这是问题所在，我需要创建其他进程以使用静态文件运行。我需要每个 id 都使用 static_file 运行，但我不知道该怎么做。我需要一个类似这样的新频道：

[illumina.1, /home/qs/work/../illumina.1.fastq, /home/qs/work/../exampleillumina.1.out,/home/qs/work/../static_file.txt]
[illumina.2, /home/qs/work/../illumina.2.fastq, /home/qs/work/../exampleillumina.2.out,/home/qs/work/../static_file.txt]
[illumina.3, /home/qs/work/../illumina.3.fastq, /home/qs/work/../exampleillumina.3.out,/home/qs/work/../static_file.txt]

或者我需要一个在每次运行时重复静态文件的进程。下面的代码仅与元组中的第一个元素一起运行:(（我尝试了每个但都不起作用。

process pr2 {
echo true

input:
  tuple val(id), path(fastq_file), path(out_file) from example_test
  path(st_file) from static_file

script:
"""
echo ${id} ${st_file}
"""
}

谢谢！！

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您只需要确保您的第二个渠道（即您的静态文件的渠道）是一个价值渠道。您没有展示 static_file 通道是如何创建的，但是如果它是常规队列通道，您将获得所看到的行为，请参见此处：了解多个输入通道的工作原理。要修复您的示例，您只需要：

static_file = file(params.static)

process pr2 {

    echo true

    input:
    tuple val(id), path(fastq_file), path(out_file) from example_test
    path(st_file) from static_file

    script:
    """
    echo ${id} ${st_file}
    """
}

这与以下内容相同：

static_file = file(params.static)

process pr2 {

    echo true

    input:
    tuple val(id), path(fastq_file), path(out_file) from example_test
    path static_file

    script:
    """
    echo ${id} ${static_file}
    """
}
于 2021-03-11T03:52:46.990 回答