问题标签 [nextflow]

我正在使用 Nextflow.io 安排数千个分析作业，然后加入输出。

Nextflow 是一个 DSL，它允许我指定渠道和流程并安排和运行它们。在后台，它为每个进程创建 bash 脚本，这就是我在此处发布而不是https://github.com/nextflow-io/nextflow的原因。

我可以提供脚本的完整版本，但这是精简版：

nxf_stage 函数的目的是准备该进程需要的文件。代替上面我所说的中断的评论大约有 76,000 行，如下所示：

rm -f result_job_073241-D_RGB_3D_3D_side_far_0_2019-03-12_03-25-01.json

后跟相同数量的行，如下所示：

ln -s /home/ubuntu/plantcv-pipeline/work/8d/ffe3d29ee581c09d3d25706c238d1d/result_job_073241-D_RGB_3D_3D_side_far_0_2019-03-12_03-25-01.json result_job_073241-D_RGB_3D_3D_side_far_0_2019-03-12_03-25-01.json

当我尝试执行 nextflow 脚本时，我收到此错误：

Segmentation fault (core dumped)

我能够将它调试到该函数，只需使用任何一方的 echo 语句，但该函数中的任何内容对我来说似乎都不复杂。实际上，当我剥离其他所有内容并将脚本保留为约 152,000 行rm命令ln时，它就可以正常工作。

这种大小的函数是否有可能导致段错误的内存占用？似乎每个命令本身都很小。

更新：

输出bash -x：

我正在运行一个 Nextflow 管道，该管道在不同的 Docker 容器中运行每个进程。我在 VM 中运行此管道。虽然某些流程运行良好，但其中一个流程出现错误：

我在这个过程中使用的 docker 容器是 biocontainers/fastqc:v0.11.8dfsg-2-deb_cv1

我正在以 sudo 身份运行 nextflow，并且尝试更改执行文件夹权限，但错误仍然存​​在。

我也尝试在 Nextflow 中使用选项 docker.fixOwnership = true 并出现类似的错误

在我的个人计算机上使用相同的 Docker 容器和 Nextflow (19.10) 和 Java (11) 版本运行相同的管道，并且运行良好。

任何有关如何解决此问题的帮助将不胜感激。

我正在开发一个运行 slurm 和 CentOS 的 HPC。我的工作流软件（Nextflow v19.10.0）需要执行这个命令

但是，我有一个错误引发以下错误

有没有办法将上述命令包装在我的 .bashrc 文件中，所以当 Nextflow 运行该命令时，它会自动变成这个命令，我已经测试过它可以在我的集群上工作？

非常感谢你的帮助！！！

我从 Nextflow 开始，似乎无法弄清楚为什么我的脚本没有达到我的预期

我期待它打印我放入的分组文件的行，但我得到：

数组是空的，但我的文件显然不是。检查输出内容并“查看”我在做什么的最简单方法是什么？

如果我将此行放入Nextflow（用 groovy(Java) 编写）管道脚本中，它将显示一个错误，指出变量表示法的问题（这些：$1，$2）。它在Nextflow之外工作正常。我还能如何在此处输入变量以使其正常工作？

我试过了

输出一个空文件。所需的输出将是它只在Nextflow中工作。

I have a JSON that looks like this

I use this JSON to create a fasta file, where I split the name of the barcode "0014F--0014R" into two halves. Each half is placed in a file, and then the relevant sequence below it like so:

I do this using Groovy, the code for this is:

I want to change this logic so that if "genes sequenced" is empty, skip that barcode.

In "0004F--0004R", there are no genes sequenced. How can I implement this logic?

In Python, you could simply do:

... and it would skip that barcode. I'm essentially a Python programmer and am using Nextflow which uses Groovy as it's base language. Help would be greatly appreciated.

NOTE

I have a feeling like my entire logic would have to change. The flow currently is:

1. Create keySet() of all barcodes
2. Populate each with sequences

And the flow should now be: 1. Create keySet() of barcodes with "genes sequenced" 2. Populate each with sequences

So, barcodes = Channel.from(analysis_config.barcodes.keySet()) any idea how I could add that logic into this?

Something like:

Nextflow 允许有效地制作复杂的管道。有些人只能从视觉上理解事物，因此制作良好的图形表示很重要。在 nextflow 中这样做的方法是使用 -with-dag 命令：

但是，输出看起来很糟糕，并且没有任何专业的氛围：

我想知道是否有任何方法可以改进它，比如获取源代码和上传一些不同的可视化程序。任何事物。

我正在尝试在 nextflow 中使用 watchPath 来查找文件类型，然后获取文件属性。就像是：

在我的最终观点声明中，我不断得到“to”和“/path/to”，而不是“/path/to/a/dir/”（创建文件的目录）。“path/to”恰好是我的脚本和工作目录的目录。使用监视路径后如何获得准确的文件操作？

如何设置输入以便我可以并行运行每个样本？

我只得到第一个样本的结果。

我正在尝试运行基于 Nextflow 的管道，但收到此消息：“此工作流需要 Nextflow 版本 0.26 或更高版本——您正在运行版本 20.01.0”

我尝试了两个命令在我的系统上安装 Nextflow：wget -qO- https://get.nextflow.io | bash 和 curl -fsSL get.nextflow.io | 重击

他们都安装了 20.01.0 版本。我应该怎么做才能获得 0.26 版？

谢谢您的帮助