nextflow - 如何在 Nextflow 管道中指定 AWK 操作？

Question

awk '($1<1)|| ($1>22) {print $2}' $input > $output

如果我将此行放入Nextflow（用 groovy(Java) 编写）管道脚本中，它将显示一个错误，指出变量表示法的问题（这些：$1，$2）。它在Nextflow之外工作正常。我还能如何在此处输入变量以使其正常工作？

我试过了

 awk '(${1}<1)|| (${1}>22) {print ${2}}' $input > $output

输出一个空文件。所需的输出将是它只在Nextflow中工作。

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如果您的流程脚本部分包含在三引号中，请使用 \ 转义您的文字 $：

"""
awk '(\$1<1)|| (\$1>22) {print \$2}' $input > $output

"""

使用当前方法进行包装会导致 nextflow 查找变量 1 和 2。

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