nextflow - 如何在 nextflow 中打印出表格

Question

我从 Nextflow 开始，似乎无法弄清楚为什么我的脚本没有达到我的预期

import nextflow.Channel

params.groupings = "SampleGroups.csv"
params.comparisons = "comparisons.tsv" 

groupings = params.groupings
comp = params.comparisons

println groupings.class

def parseGroupings(groupings){
def allRows = [:]

Channel.from(groupings)
    .splitCsv(sep: ',', header: true)
        .unique().map { row ->
   [row.Sample,row.Group]
}


}


(a,b) = parseGroupings(groupings).into(2)
println a.flatten().unique().toSortedList().get()

我期待它打印我放入的分组文件的行，但我得到：

class java.lang.String
[]

数组是空的，但我的文件显然不是。检查输出内容并“查看”我在做什么的最简单方法是什么？

Answer 1

用于.view()检查频道的内容并返回该频道的副本。

Channel.from(1,2,3).view()
        .map { it -> [it, it+it, it*it] }
        .view()
        .set { foo }
foo.collect().view()

输出：

1
2
3
[1, 2, 1]
[2, 4, 4]
[3, 6, 9]
[1, 2, 1, 2, 4, 4, 3, 6, 9]