directed-acyclic-graphs - 你能让 Nextflow DAG 可视化变得漂亮吗？

Question

Nextflow 允许有效地制作复杂的管道。有些人只能从视觉上理解事物，因此制作良好的图形表示很重要。在 nextflow 中这样做的方法是使用 -with-dag 命令：

nextflow run <script-name> -with-dag flowchart.png

但是，输出看起来很糟糕，并且没有任何专业的氛围：

我想知道是否有任何方法可以改进它，比如获取源代码和上传一些不同的可视化程序。任何事物。

Answer 1

使用 DOT 格式输出和 Graphviz

tl;dr：使用-with-dag不带文件名的标志并使用 Graphviz 呈现结果dag.dot文件。

Graphvis是一个专门为可视化这些图形而构建的软件包。Nextflow 的DAG 可视化选项默认会输出DOT 格式的表示。而不是指定-with-dag flowchart.png使用裸标志-with-dag来发出dag.dot或指定您选择的带有.dot扩展名的文件名。将点文件呈现为可视化是其他问题和文档的主题。