问题标签 [nextflow]

我有以下 nextflow 脚本：

Rscript 包含以下命令：

当它运行时，输出文件保存在我想要的目录中（$wd/data/${geoid}_datFiles.RData）。鉴于 publishDir 指向同一个目录，我希望输出（定义为“${geoid}_datFiles.RData”）在 publishDir 目录下可用。

但是，我收到以下错误：

日志文件表明 nextflow 仍在工作流创建的目录中寻找输出：

完整的日志文件：

我有这个小管道：

echo blabla我想触发一个python脚本，以防管道使用完成错误过程出错，但即使使用简单的示例，整个过程似乎也不会被触发。

如何触发此 finish_error 过程，以及如何查看其输出？

我试图在nextflow.config管道执行期间访问文件中的变量。我想image_standard作为字符串提供run.nf，我想eu.gcr.io/proj_name/image1:latest作为输出接收。我想出了一种.config在 nextflow 脚本中获取文件内容的方法，但我不知道如何访问这个特定的属性。

这是我的nextflow.config文件：

这run.nf

仅打印该行：

{

我正在运行两个虚拟机。一个 VM 用于运行 nextflow，另一个 VM 上有一个 Jenkins 构建服务器。Jenkins 负责构建新的 Docker 镜像并将新的 Docker 镜像推送到我们的私有 google 容器注册表。

我的nextflow.config文件看起来像这样：

在使用 Jenkins 服务器构建新镜像后，我正在运行一个新的 nextflow 脚本，我注意到 nextflow 仍在使用旧镜像。经过一些研究（https://stackoverflow.com/a/58539792/1820480），我意识到这与我使用latest标签的事实有关，并且由于 nextflow VM 上已经有一个名为 latest 的图像， nextflow 使用那个并且不打扰检查注册表。

问题：如何确保在每次运行 nextflow 之前，它会检查注册表中是否有更新的图像？或者，是否有可以在检查注册表（而不是 nextflow）的 VM 上运行的脚本/程序？

谢谢你。

我遇到了 .command.sh 之类的错误：第 2 行：意外标记附近的语法错误 `('

我正在尝试通过 Linux 命令行对某些数据运行 nexflow 管道，但是当我这样做时，它会失败，因为它无法创建 Conda 环境。

尽管环境设置不正确，但它看起来还是试图运行管道，因此会生成一条错误消息。任何帮助将非常感激。这是错误消息：

这是我的 environment.yml 文件：

这是我的频道视图之一。当第一个和第二个 ID 相同时，我正在尝试创建一个新的控制通道，其余的作为示例通道。

我刚刚为 nextflow 创建了一个新环境，但是当我运行脚本时，流程步骤扩展如下：

它曾经是这样的：

我正在尝试输入两个频道。但是，seacr_res_ch2 有 4 个文件，bigwig_ch3 有 5 个文件，其中包含一个控件和 4 个样本。所以我试图运行以下过程来计算峰值中心。当我运行这个过程时，我得到了这个错误：在寻找匹配的 `"' 时出现意外 EOF

我正在尝试使用 nextflow 管道从 deeptool 执行指纹（bamCoverage）。当我输入 bam 文件并运行脚本时。它说我没有索引文件。错误：[E::idx_find_and_load] 无法检索 'Kasumi_NCOR1.genome.sorted.bam' 的索引文件 [E::idx_find_and_load] 无法检索 'Kasumi_NCOR1.genome.sorted.bam' 的索引文件'Kasumi_NCOR1.genome.sorted .bam' 似乎没有索引。你必须先索引文件！

sorted_bam_sample_control_ch.samples 包含所有示例 bam 文件，而 sorted_bam_sample_control_ch.control 包含控制 bam 文件。如何输入 bam.bai 文件？我也看到输出 bam 和 bam.bai 到一个频道，但是如何处理这个步骤？

这是我的示例输入。但是当我运行该过程时，它只运行一个样本

这是控制输入