我正在尝试通过 Linux 命令行对某些数据运行 nexflow 管道,但是当我这样做时,它会失败,因为它无法创建 Conda 环境。
尽管环境设置不正确,但它看起来还是试图运行管道,因此会生成一条错误消息。任何帮助将非常感激。这是错误消息:
Error executing process > 'my_process (1)'
Caused by:
Failed to create Conda environment
command: conda env create --prefix /my_file_path-6bf38a923b48a255f96ea3d66d372e6c --file /my_file_path/environment.yml
status : 143
message:
这是我的 environment.yml 文件:
name: pipeline_name
channels:
- bioconda
- conda-forge
- defaults
dependencies:
- filtlong
- blast==2.5
- minimap2
- samtools
- pysam
- pandas
- matplotlib
- pysamstats
- seaborn
- medaka
- bedtools
- bedops
- seqtk
- bioawk
- sniffles