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我正在尝试输入两个频道。但是，seacr_res_ch2 有 4 个文件，bigwig_ch3 有 5 个文件，其中包含一个控件和 4 个样本。所以我试图运行以下过程来计算峰值中心。当我运行这个过程时，我得到了这个错误：在寻找匹配的 `"' 时出现意外 EOF

process compute_matrix_peak_center {

    input:
    set val(sample_id), file(seacr_bed) from seacr_res_ch2
    set val(sample_id), file(bigwig) from bigwig_ch3

    output:
    set val(sample_id), file("${sample_id}.peak_centered.mat.gz") into peak_center_ch

    script:
    """

    "computeMatrix reference-point \
        -S ${bigwig} \
        -R ${seacr_bed} \
        -a 1000 \
        -b 1000 \
        -o ${sample_id}.peak_centered.mat.gz \
        --referencePoint center \
        -p 10

    """
}
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2 回答 2

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您的输入块声明了两次名为sample_id. 如果值来自两个（或更多）通道，则无法保证这些值相同。一个值将简单地破坏其他值。您需要先加入（）这些频道：

input:
set val(sample_id), file(seacr_bed), file(bigwig) from seacr_res_ch2.join(bigwig_ch3)
于 2020-12-23T11:24:25.997 回答
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输入文件可能不是文件对象。尝试将file声明中的替换为path，例如：

input:
set val(sample_id), path(seacr_bed) from seacr_res_ch2
set val(sample_id), path(bigwig) from bigwig_ch3

检查文档以获取详细信息https://www.nextflow.io/docs/latest/process.html#input-of-type-path

于 2020-12-23T09:15:14.917 回答