问题标签 [nextflow]

我有以下（简化的）nextflow 模块。它有一个进程，在 fasta 文件上运行多序列比对，以及运行此进程的工作流（最终它也会运行其他进程）：

我希望这个工作流程既可以作为子工作流程导入，也可以直接执行。出于这个原因，我没有指定任何参数，而只使用了输入（因为我相信在调用子工作流时无法指定参数）。

但是，我看不到直接在命令行上运行此子工作流的方法。

如果我运行，nextflow run msa.nf -entry msa我会收到以下错误：

这是有道理的——我没有指定这些文件的来源。但我怎么能？如果我遵循文档的配置部分并nextflow.config使用以下内容创建一个：

我仍然收到此错误。我也知道有一个-params-file选项，但我相信它只适用于参数，而不是输入。

我正在实现一个 nextflow 管道，我想使用两个输入，每个输入包含我将在此过程中使用的文件

我有一个 python 脚本（make_chunk.py），它从输入通道获取输入文件并打印 3 个数组。

我想从上面的输出中创建 3 个不同的 bash 数组。在终端是可行的。我想在 nextflow 脚本中使用相同的命令来创建稍后将使用的那些数组。到目前为止，我已经尝试过：

对于上面的 nextflow 过程，我收到以下错误：

但是在 bash 终端中，这些命令可以正常工作。对这件事有什么帮助吗？

我有一个my_csv.csv包含三列的 csv 文件，我可以使用它来读取它spliCsv，如下所示：

我有另一个map_ch看起来像的频道

……

现在，我想得到：

如果我使用join运算符，我只会得到

这不是我需要的

我有一个 nextflow 过程，它输入多个文件做一些事情，然后输出一些文件。在此过程中，我删除了条件中的空文件。

该过程工作正常。该impute4程序提供*gen.gz文件的输出，其中一些可能是空的。因此，添加了 if 语句以删除那些空文件，因为qctools无法读取空文件并且进程崩溃。问题是，现在我收到错误：

我该如何解决这个问题。有什么帮助吗？

我有一个 nextflow 过程，它为每个染色体生成多个块到一个通道中，比如说，imputation它看起来像，

每条染色体有很多块（22 条染色体）。对于要获取的每种类型的文件集，我如何有效地将它们合并到各自的染色体中，

获得合并输出后，我想删除所有块。有什么帮助吗？

生成这些块的实际代码是：

我有一个将多个文件作为元组输出的过程。像这样：

我怎么能得到chr1.merged.bgen和chr1.merged.stat。我想用来cat合并所有这些块。

我试过了：

但是得到了 "Input tuple does not match input set cardinality decalred 也用于：

同样的错误。我也尝试使用my_output.collect()和my_output.toList()但得到同样的错误。有什么帮助吗？

如何为两个列表中的每对值运行一个实例，然后一次只收集其中一个列表的输出？

例如，如果您运行此 Nextflow 脚本：

你得到两个输出文件（如预期的那样）：1.out和2.out. 每一个都包含相同的行集：

我怎样才能使它1.out只包含1 Aand 1 B，并且2.out只包含2 Aand 2 B？即，通道仅根据输入收集输出并保持具有不同输入的单独.collect()实例？foop1letternumber

我知道collect()当我们运行一个将两个通道作为输入的过程时，我们必须使用，其中第一个通道有一个元素，然后第二个通道有 > 1 个元素：

现在的问题是：为什么 nextflow-io ( https://github.com/nextflow-io/rnaseq-nf/blob/master/modules/rnaseq.nf#L15 ) 的示例工作流中的这一行可以在不使用collect()or的情况下工作toList()？

同样的情况，一个元素（索引）的通道和一个大于 1 的通道（fastq 对）应该被同一个进程（quant）使用，并且它在所有 fastq 文件上运行。与我的虚拟示例相比，我缺少什么？

我是 nextflow 的新手，这是我想测试一个真正的工作的实践。

这个脚本的输出是：

这里002-002,015-002等004-005是样本 ID。我正在尝试编写一个简单的过程来输出诸如 ${sample.id}_sorted_dedup.calls.cns 之类的文件，但我不确定如何提取这些 id 并将其输出。

如何修改process cnvcalls以使其与 sample.id 一起使用？