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我是 nextflow/groovy/java 的新手，我在一个简单的正则表达式任务中遇到了一些困难。

我正在尝试更改某些文件对的标签。我的理解是fromFilePairs返回表单的数据结构：

[
    [common_prefix, [file1, file2]],
    [common_prefix, [file3, file4]]
]

我进一步认为：

  • 对该列表中的项目调用时的.name方法将给出名称，我在上面标记为common_prefix
  • fromFilePairs与设置文件对的名称一起使用的闭包返回的值。
  • it与使用的闭包中的值fromFilePairs是文件对列表中的单个项目。

但是，我在以下方面尝试了许多变体，但均未成功：

params.fastq = "$baseDir/data/fastqs/*_{1,2}_*.fq.gz"

Channel
    .fromFilePairs(params.fastq, checkIfExists:true) {
        file -> 
            // println file.name // returned the common file prefix as I expected
            mt = file.name =~ /(common)_(prefix)/
            // println mt 
            // # java.util.regex.Matcher[pattern=(common)_(prefix) region=0,47 lastmatch=]
            // match objects appear empty despite testing with regexs I know to work correctly including simple stuff like (.*) to rule out issues with my regex
            // println mt.group(0) // #No match found
            mt.group(0) // or a composition like mt.group(0) + "-" + mt.group(1)
    }
    .view()

我还使用该replaceAll方法尝试了一些变体。

我已经查阅了 nextflow、groovy 和 java 的文档，但我仍然无法弄清楚我缺少什么。我希望这是一些愚蠢的语法问题或对数据结构的误解，但是当对于更了解该语言的人来说可能很明显时，我已经厌倦了用头撞它-我会很感激任何能启发我了解它的工作原理的人.

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可以为fromfilepairs 运算符提供闭包以实现自定义文件对分组策略。它需要一个文件并且应该返回分组键。文档中的示例仅按文件扩展名对文件进行分组：

Channel
    .fromFilePairs('/some/data/*', size: -1) { file -> file.extension }
    .view { ext, files -> "Files with the extension $ext are $files" }

如果您只想更改某些文件对的标签，则无需这样做。您可以为此使用地图运算符。fromFilePairs 操作发出元组，其中第一个元素是匹配对的“分组键”，第二个元素是“文件列表”（按字典顺序排序）：

Channel
    .fromFilePairs(params.fastq, checkIfExists:true) \
    .map { group_key, files ->

        tuple( group_key.replaceAll(/common_prefix/, ""), files )
    } \
    .view()
于 2021-03-08T14:49:48.123 回答