我正在尝试在 Nextflow 管道中运行 Rscript。这个 Rscript 有一个包“ggolot2”。
我有这个错误:
库中的错误(ggplot2):没有名为“ggplot2”的包,执行停止。
为什么我会收到这个错误?
这是代码:
process fingerprint_plot {
publishDir "${params.outdir}/fingerprint_plot", mode: 'copy'
input:
set val(sample_id), file(samples) from sample_cov_ch
set val(control_id), file(controls) from control_cov_ch.collect()
output:
file("${sample_id}.fingerprint.pdf") into fingerprint_plot_ch
script:
"""
Rscript /mnt/Data/cut_and_tag/cut_tag_fingerprint_cmd.R --args ${controls} ${control_id} ${samples} ${sample_id} ${sample_id}.fingerprint.pdf
"""
}