python-3.x - 如何在 Nextflow 中运行 Python 脚本

Question

我是 Nextflow 的新手，我尝试在 Nextflow 中运行 Python 脚本。因此，我将 Python 脚本存储在与 Nextflow 管道相同的文件夹中并尝试运行它，但我总是收到此错误：.command.sh: line 2: ./example.py: No such file or directory. 有没有人遇到过同样的问题并且有能力解决它？

我的流程如下所示：

#!/usr/bin/env nextflow

input_ch = Channel.fromPath('data/*.txt')

process foo {

    input:
    file x from input_ch

    output:
    file "$x" into outputt_ch

    """
    ./example.py ${x}
    """

}

PS：我的 Python 脚本可以从终端执行！

先感谢您！

Answer 1

Nextflow 在单独的工作目录中运行每个任务。因此./example.py不会工作。您必须使用example.py并使脚本可通过系统访问PATH或将其复制到项目bin/目录中。

Answer 2

另一种解决方案是使用projectDir变量。例如，

#!/usr/bin/env nextflow

input_ch = Channel.fromPath('data/*.txt')
project_dir = projectDir

process foo {

    input:
    file x from input_ch

    output:
    file "$x" into outputt_ch

    """
    python $project_dir/example.py ${x}
    """

}