我正在为恰好使用 groovy 的 Nextflow 工作流程编写一些代码。
我有一个包含以下参数的 JSON 配置文件:
"barcodes": {
"004F--004R": {
"laa_params": {
"--minLength": "5000",
"--ignoreEnds": "60",
"--maxReads": "2500",
"--maxPhasingReads": "500"
}
},
"014F--014R": {
"laa_params": {
"--minLength": "5000",
"--ignoreEnds": "60",
"--maxReads": "2500",
"--maxPhasingReads": "500"
}
},
而我需要做的是制作条形码地图:laa_params。目前我这样做:
transform_barcodes = barcodes.flatMap { it -> [it] }
results = transform_barcodes.flatMap { it -> [ [it, analysis_config.barcodes[it].laa_params] ] }
这给了我这些结果:
DataflowQueue(queue=[DataflowVariable(value=[004F--004R, {--minLength=5000, --ignoreEnds=60, --maxReads=2500, --maxPhasingReads=500}]), DataflowVariable(value=[014F--014R, {--minLength=5000, --ignoreEnds=60, --maxReads=2500, --maxPhasingReads=500}]),...
我最终需要的是:
[004F--004R, {--minLength 5000, --ignoreEnds 60, --maxReads 2500, --maxPhasingReads 500}]
我怎样才能做到这一点?我是 groovy 的新手,但可能只是在地图上做一个 for 循环并将 = 替换为“”?任何帮助,将不胜感激!