pipeline - Nextflow 中的条件管道

Question

我试图创建一个条件管道 NextFlow。例如，

进程 A 向通道输出一个值。如果值为 1，则运行 X，否则运行 Y。

这是我想做的事情：

initialData = 2
receiver1 = "EMPTY"
receiver2 = "EMPTY"
receiver3 = ""


process A {
    input:
    val initialData

    output:
    val initialData into trigger
    '''
    echo 10
    '''
}

process foo {
    input:
    val trigger

    output:
    val "I ran from FOO" into receiver2


    when:
    trigger == 2

    '''
    echo I ran from FOO
    '''
}


process bar {
    input:
    val trigger

    output:
    val "I ran from BAR" into receiver1


    when:
    trigger == 1

    '''
    echo I ran from BAR
    '''
}

假设 foo 和 bar 是等效的，但实现不同（例如，一个将电影从 AVI 转换为 h.264，另一个从 MOV 转换为 h.264）。我想要另一个进程，比如 C，它可以从 Bar 或 Foo 读取，而无需对触发器一无所知。但是，如果我在 Foo 和 Bar 中使用相同的输出通道名称，nextflow 会抱怨。

Answer 1

您可以在流程中使用条件脚本并仅使用一个通道。

process action {
   input:
   val t from trigger
   file in from input_channel

   output:
   file out into unique_receiver

   script:
   if (t == 1)
       """
       foo ${in} > ${out}
       """
   else if (t == 2)
       """
       bar ${in} > ${out}
       """
}