groovy - Nextflow：输入文件是否为空？

Question

这确实是一个 Nextflow 问题。我有一个产生许多文件的过程，有些是空的。我需要检测哪些和下一个过程应该跳过处理它们。看起来很简单，但是代码：

process demuxByPrimers {
    publishDir params.outdir

    input:
    file productFile from products

    output:
    file 'ITS*.fastq' into primers mode flatten

    when: 
    productFile.size() > 0

    script:
    println "Processing ${productFile}"
}

效果不好。工作目录中的输入文件是符号链接，因此它们不是空的......关于如何跳过处理空文件的任何想法？

Answer 1

另一种方法是在products通道上应用过滤器，例如。

process demuxByPrimers {
  publishDir params.outdir

  input:
  file productFile from products.filter{ it.size()>0 }

  output:
  file 'ITS*.fastq' into primers mode flatten

  script:
  println "Processing ${productFile}"
}