nextflow - 如何指示下一个输出在哪里？

Question

我在 python 中有一个脚本，它将文件保存在特定目录中。

例如这个名为“write.py”的代码：

with open("project/results/txt/output.txt", "w") as f:
    f.write("this is a txt file")

所以我在“project/src”中执行我的脚本，这个脚本的输出在“project/results/txt/”中。

这里是“project/”中的脚本 Nextflow 示例：

process writeTxt{
    output:
    file "output.txt"

    """
    python3 ../../../src/write.py 
    """
}

"../../../" ==> 退出工作目录

但是 nextflow 返回它没有找到“projet/results/txt/output.txt”。

那么如何向 Nextflow 指示脚本的输出在哪里呢？

Answer 1

这是一种反模式。Nextflow 任务预计会在任务执行目录中生成和使用文件。如果这样的输出文件是由上游任务生成的，则必须将其声明为任务输出以使其在任务工作目录中可访问。