nextflow - 如何在不指定绝对路径的情况下使用文件脚本？

Question

我有这个过程：

#!/usr/bin/env nextflow

params.queries = ""
params.db = ""

queries = Channel.fromPath(params.queries)
queries.into { queries_psiblast; queries_pssm }
db = file(params.db)

process PsiBlast {

    input:
    file query from queries_psiblast

    output:
    file top_hits

    """
    psiblast -db $db -query $query -out top_hits
    """
} 

process ParsePsiBlastOut {

    input:
    file top_hits

    output:
    file top_hits2

    """
    python3 psi_blast_output_to_fasta_next.py  $top_hits 
    """
}

我的第二个过程有问题，Nextflow 没有找到我的 python 脚本。

这是我的目录（我不在 HOME，我在 project/ 中。所以它不是我在 HOME 中的“bin”）：

bin/  pipeline_amont.nf

我的 python 脚本在 bin 中，就像 Nextflow 文档所说的那样。

但 Nextflow 似乎在工作中搜索它。

如何让 Nextflow 在 bin 中查找脚本？

Answer 1

Nextflow 自动将项目 bin 目录添加到任务$PATH中，因此您需要在不指定 python 解释器的情况下将脚本作为命令调用，即

psi_blast_output_to_fasta_next.py   

代替

python3 psi_blast_output_to_fasta_next.py