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我正在尝试构建一个奇异容器,以在基于 CentOS 7 的集群上运行 Python 脚本。容器在我的主机上按预期运行,我也用它来创建容器,但一旦导入 PyTorch,就会在集群上失败。

这个问题可以通过这个最小定义文件的容器构建来重现:

调试.def:

Bootstrap: arch

%runscript
    exec /usr/bin/python3 -c 'import torch; print(torch.__version__)'

%post
    #--------------------------------------------------------------------------
    # Basic setup from
    # https://github.com/sylabs/singularity/blob/master/examples/arch/Singularity
    #--------------------------------------------------------------------------
    # Set time zone. Use whatever you prefer instead of UTC.
    ln -s /usr/share/zoneinfo/Europe/Berlin /etc/localtime

    # Set the package mirror server(s). This is only for the output image's
    # mirrorlist. `pacstrap' can only use your hosts's package mirrors.
    echo 'Server = https://mirrors.kernel.org/archlinux/$repo/os/$arch' > /etc/pacman.d/mirrorlist

    pacman -Sy --noconfirm gawk sed grep

    # Set locale. Use whatever you prefer instead of en_US.
    echo 'en_US.UTF-8 UTF-8' > /etc/locale.gen
    locale-gen
    echo 'LANG=en_US.UTF-8' > /etc/locale.conf

    pacman -S --noconfirm python python-pytorch

    pacman -S --noconfirm pacman-contrib
    paccache -r -k0

它是用sudo singularity build debug.sif debug.def. 容器和我的主机都在 Arch Linux 上运行。

在我的主机上执行容器输出 PyTorch 版本:

schellsn@host $ singularity run debug.sif
1.3.1

在集群上运行它会导致以下错误:

schellsn@cluster tmp$ singularity run debug.sif
Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
  File "/usr/lib/python3.8/site-packages/torch/__init__.py", line 81, in <module>
    from torch._C import *
ImportError: libQt5Core.so.5: cannot open shared object file: No such file or directory

我不明白为什么找不到该文件,因为它应该包含在容器中:

schellsn@cluster tmp$ singularity shell debug.sif 
Singularity debug.sif:~/tmp> ls -l /usr/lib | grep libQt5Core
-rw-r--r--  1 root root      1166 Nov 11 23:40 libQt5Core.prl
lrwxrwxrwx  1 root root        20 Nov 11 23:40 libQt5Core.so -> libQt5Core.so.5.13.2
lrwxrwxrwx  1 root root        20 Nov 11 23:40 libQt5Core.so.5 -> libQt5Core.so.5.13.2
lrwxrwxrwx  1 root root        20 Nov 11 23:40 libQt5Core.so.5.13 -> libQt5Core.so.5.13.2
-rwxr-xr-x  1 root root   5275240 Nov 11 23:40 libQt5Core.so.5.13.2

我假设导入时搜索中不包含相应的路径,并且由于某些环境设置泄漏到容器中,因此我的主机上不会出现此问题。我也尝试使用Sylabs Remote Builder,但它似乎无法构造 Arch 容器(在 $PATH 中找不到pacstrap )。尝试在其中一个节点上构建容器会导致同样的问题;Pacstrappacman不可用。

我束手无策,非常感谢任何解释这种行为的提示!为什么找不到共享库,怎么可能修复?

更新#1:

这是 LD_LIBRARY_PATH 环境变量的内容(响应@tsnowlan)。

Arch Linux 主机:

schellsn@host tmp$ echo $LD_LIBRARY_PATH
:/usr/local/cuda/lib:/usr/local/cuda/lib64:/usr/local/cuda/lib:/usr/local/cuda/lib64
schellsn@host tmp$ singularity shell evpt_debug.sif
Singularity evpt_debug.sif: ~/tmp> echo $LD_LIBRARY_PATH
:/usr/local/cuda/lib:/usr/local/cuda/lib64:/usr/local/cuda/lib:/usr/local/cuda/lib64:/.singularity.d/libs

CentOS 7 集群节点:

schellsn@cluster tmp$ echo $LD_LIBRARY_PATH
schellsn@cluster tmp$ singularity shell debug.sif 
Singularity debug.sif:~/tmp> echo $LD_LIBRARY_PATH
/.singularity.d/libs

更新#2:

我确实设置了一个新的干净的 VM(也运行 arch),它也在那里重建了容器。这个容器显示了同样的问题;它在我的主机上运行,​​但不在 CentOS 7 集群上。

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2 回答 2

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我遇到了同样的问题:CentOS 7 主机和 Arch Linux 容器(Python 3.8.1 / Pytorch 1.3.1)。以下链接似乎暂时解决了我的问题。

https://superuser.com/questions/1347723/arch-on-wsl-libqt5core-so-5-not-found-despite-being-installed

编辑:从链接中,这个命令对我有用

sudo strip --remove-section=.note.ABI-tag /usr/lib64/libQt5Core.so.5
于 2020-01-14T20:05:37.700 回答
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作为一种解决方法,我现在从一个使用库引导代理和 Ubuntu 18.04 映像而不是 Arch 引导代理的 def 文件构建容器。生成的容器在我的 Arch 主机和 CentOS 7 集群上运行。

于 2019-11-20T14:20:26.893 回答