如果我使用奇异 2.5.2 拉取一个 docker 映像,它在 3.1.1 exec 中运行良好:
$ /software/singularity-3.1.1/bin/singularity exec dockstore-cgpwxs_singularity_bug_report_pull_2.5.2.simg samtools view
Usage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam>|<in.cram> [region ...]
...
如果然后我使用 3.1.1 拉取相同的图像并尝试运行它,我会遇到加载共享库的问题,这些是在容器中使用的(而不是像 #3027 中那样通过奇点本身):
$ /software/singularity-3.1.1/bin/singularity exec dockstore-cgpwxs_singularity_bug_report_pull_3.1.1.simg samtools view
samtools: error while loading shared libraries: libhts.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory
在使用 3.1.1 拉取的容器上,我检查了指示为问题的文件:
$ /software/singularity-3.1.1/bin/singularity exec dockstore-cgpwxs_singularity_bug_report_pull_3.1.1.simg ls -l /opt/wtsi-cgp/lib/
total 8613
-rwxr-xr-x 1 root root 415532 Apr 16 10:33 libBigWig.a
-rwxr-xr-x 1 root root 240712 Apr 16 10:33 libBigWig.so
-rw-r--r-- 1 root root 4950682 Apr 16 10:33 libhts.a
lrwxrwxrwx 1 root root 13 Apr 16 10:33 libhts.so -> libhts.so.1.9
-rw-r--r-- 1 root root 3211128 Apr 16 10:33 libhts.so.1.9
lrwxrwxrwx 1 root root 13 Apr 16 10:33 libhts.so.2 -> libhts.so.1.9
drwxrwxr-x 63 root root 1186 Apr 16 07:31 perl5
drwxr-xr-x 2 root root 32 Apr 15 08:08 pkgconfig
当使用 2.5.2 拉取时,这与同一文件夹完全匹配。
我希望使用 3.1.1 提取并使用 3.1.1 执行的图像比使用 2.5.2 提取的图像更好。