问题标签 [common-workflow-language]
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common-workflow-language - Dockstore CWL 输出文件的奇怪行为
我正在使用带有 CWL 的 Dockstore。我想保存我的管道的一些文件。我正在描述这样的输出文件
结果我有这个
- 在输出目录中我有空目录
data_fam - 在同一个目录中，我有
data.fam文件本身 - 在我称为dockstore的目录中，我也有
data.fam文件
最后一点是可以理解的，因为我看到了
但是为什么我在它之外有空文件夹和文件？
directory - 如何使用 CWL（通用工作流语言）将 stdout 和 stderr 附加到指定目录中的文件？
我一直在尝试在 CWL 中编写将 stdout 和 stderr 附加到特定目录中的文件的描述，例如printf 'some message' >> out_directory/out_file 2>&1
使用以下 CWL 描述：
和输入文件：
我收到这个错误
关于打印到特定目录的任何想法？另外，我怎样才能使用 >> 而不是 > ？
谢谢！
flutter - Flutter/Dart - 将所有子进程的输出打印到标准输出
我正在开发一个 Flutter 桌面应用程序，它有时会运行Process. 对于这个过程，我想读取输出并根据它在 Flutter 中做事。我遇到的问题是，并非所有输出都通过 显示process.stdout，即INFO我也想阅读一些日志。
这是（非常简单的）代码：
有了这个，输出只有：
但是当我在终端中运行相同的进程时，它也会打印INFO日志，这是我在 Flutter 中迫切需要的。我怀疑下面的 python 子进程完成的日志记录没有传递给process.stdout，因此它们没有打印。
我将如何INFO使用 Dart 访问日志？
python - 如何在 R/Python 中读取 .cwl 文件？
我尝试在 R 中编写一个脚本，这需要修改一个.cwl文件。以文件为例test.cwl：
理想情况下，我想阅读test.cwl并修改inputs$id. 最后，写出一个更新的new_test.cwl文件。但是，我找不到test.cwl在 R 中读取此文件的方法？我试过tidycwl，但它只能读取带有ymal或json扩展名的文件。
如果 python 中的任何包都可以解决问题，我也很乐意将它与reticulate.
谢谢！