问题标签 [seurat]

我通常通过函数将过滤后的特征 bc 矩阵包括barcodes.tsv.gz、、features.tsv.gz和matrix.mtx.gz文件导入 R 环境Read10X，并通过函数将数据转换为 Seurat 对象CreateSeuratObject。

但是，我发现一些公开可用scRNA-seq data的处理仅以counts.csv.gz文件格式共享。因此，我尝试counts.csv.gz通过以下命令将文件转换为 Seurat 对象；

countsData<-read.delim(file = "~path/TUMOR1_counts.csv.gz", header = TRUE, sep = ",") Tumor2 <- CreateSeuratObject(counts = countsData, project = "Tumor2", min.cells = 3 , min.features = 200)

但是，发生了以下错误。

CreateAssayObject(counts = counts, min.cells = min.cells, min.features = min.features) 中的错误：输入矩阵中不存在特征名称（行名）名称

这是看起来像这样的 counts.csv 文件。我怎么解决这个问题？

嗨，我有两个数据集。第一个是链接到给定簇 (0-7) 的基因列表：

第二个是为特定基因组合提供细胞类型注释的索引：

我试图从我的 df 中的基因列表中找到标记中概述的特定组合。当找到这样的匹配时，将返回相应的类型和子类型。但是，我发现有一些警告很难理解。

1. 每个集群的列表可能包含多个标记组合 - 因此该函数应该迭代地遍历每个标记组合，而不是在找到第一个匹配项时停止。
2. 索引匹配过程应分别在每个集群上运行 - 即检查集群 0 中的基因是否有标记匹配并返回类型/子类型，然后重复集群 1 等的步骤。

我的项目数据由数十个类似 df 的输出组成，这些输出由不同数量的各个集群组成，每个集群包含数百到数千个基因。我已尽力在网上搜索解决方案，但不幸的是，我在这里完全空白。

任何帮助/建议/建议将不胜感激。

编辑：

输出可能如下所示：

其中一个正确的匹配将向 df 添加一行，每个集群具有相应的类型和子类型，其余为空（NAs）。

我有两个通过合并样本制成的 Seurat 对象：

对于每个对象，我都进行了预处理、PCA 和聚类。现在我想合并来自 object1 的集群 1 和来自 object2 的集群 3

但是，当我对 cluster1_3 对象进行聚类时，它会聚类为 A、B、C、D 初始聚类。我做错了什么？

我不知道如何为此制作一个代表，以允许加载文件。如何使函数与 purrr 一起工作并允许在列表元素内重命名？

^{由reprex 包（v0.3.0）于 2020-12-01 创建}

拼命地尝试加载和使用 Rcpp（实际上我正在尝试在需要 Rcpp 的 Seurat 包中工作）

我试过以下

1. 重新启动，重新安装 - >同样的错误
2. 确保已安装 Xcode（从应用商店下载）
3. 使用 xcode-select --install 从终端安装命令行工具
4. 从源安装

有人可以建议吗？谢谢！

我正在尝试创建一个闪亮的应用程序，它允许我比较来自 Seurat 对象的集群，并输出差异表达基因的列表。到目前为止，我已经尝试过：

这不起作用，我敢肯定有很多原因，但坦率地说，我什至无法理解从哪里开始解决这个问题。谁能帮我吗？

所以我最近修改了我在 StackOverflow 上找到的一些代码，以根据用户输入创建动态数量的图。但是，我现在无法弄清楚如何将所有这些动态图保存在一个文件中。当我在 downloadHandler 中使用 ggsave() 时，它只保存最后生成的图，因为这些图是在 for 循环内部、观察函数内部创建的。我尝试将 for 循环保存为一个单独的函数并保存它而不是最后一个绘图，我尝试将 observe() 保存为一个函数并在 ggsave() 中调用它，但没有任何效果。知道如何将所有生成的图保存到一个文件中吗？

我正在尝试合并包含转录组计数数据（稀疏矩阵）的 Seurat 类对象。我对 R 比较陌生，因此感谢任何帮助/解决方案。我添加了我正在使用的数据的屏幕截图。

我不确定我的存储是否是问题，或者我是否应该将功能一分为二。

.cbind2Csp(x, y) 中的错误：文件 ../Core/cholmod_memory.c 中的 Cholmod 错误“内存不足”，第 147 行

数据文件夹

我想知道是否可以为函数facet_grid中的每个集群绘制一个图。FeatureScatter我要绘制的两个特征由 feature1 和 feature2 定义，构面应该是我的对象中定义为pbmc.big$seurat_clusters.

我有这个清单：

我想获取该列表中的每个文件名并为每个文件名运行以下代码，以便将此列表中的每个项目都放入自己的矩阵中

这是此代码的输出：

我想为每个“./GSE.csv”文件重复此代码，并使用 ./GSE 文件名中的信息更改 P301_3_matrix 名称。

到目前为止，这是我的尝试，但它返回错误：文件中的错误（文件，“rt”）：无效的“描述”参数

希望这是有道理的，感谢阅读！

更新：我在下面的评论中给出了答案