r - R) Counts.csv.gz 文件到 Seurat 对象

Question

我通常通过函数将过滤后的特征 bc 矩阵包括barcodes.tsv.gz、、features.tsv.gz和matrix.mtx.gz文件导入 R 环境Read10X，并通过函数将数据转换为 Seurat 对象CreateSeuratObject。

但是，我发现一些公开可用scRNA-seq data的处理仅以counts.csv.gz文件格式共享。因此，我尝试counts.csv.gz通过以下命令将文件转换为 Seurat 对象；

countsData<-read.delim(file = "~path/TUMOR1_counts.csv.gz", header = TRUE, sep = ",") Tumor2 <- CreateSeuratObject(counts = countsData, project = "Tumor2", min.cells = 3 , min.features = 200)

但是，发生了以下错误。

CreateAssayObject(counts = counts, min.cells = min.cells, min.features = min.features) 中的错误：输入矩阵中不存在特征名称（行名）名称

这是看起来像这样的 counts.csv 文件。我怎么解决这个问题？

Answer 1

首先，计数矩阵作为输入CreateSeuratObject()应该具有列中的单元格和行中的特征。您似乎应该使用 t() 将导入的计数与行名进行转换。

我建议你这样做：

countsData <- read.csv(file = "~path/TUMOR1_counts.csv", header = TRUE, row.names = 1)
Tumor2 <- CreateSeuratObject(counts = t(countsData), project = "Tumor2", min.cells = 3, min.features = 200)