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当我在本地计算机 RStudio (R 4.0.2) 和 Code Ocean R 4.0.3 上运行相同的 R 代码时，我有两个不同的 UMAP 可视化结果，它们被镜像

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我在两种环境中都使用 Seurat 3.2.0 版本，特别是对于 umap 可视化，这里是一行：

我不能给出一个可重复的例子，但也许有人以前遇到过这个问题？

我使用患者 PBMC 进行了 scRNA-seq，4 个生物学重复。每个 PBMC 都用 4 种不同类型的标签寡核苷酸进行标记并进行多路复用。使用 fastq 文件，执行 cellranger multi 并生成 4 个矩阵。使用 Seurat，我使用 Read10X 将一个输出矩阵导入到 R studio，如下 [HC1.data] Read 10x。接下来，当我使用 CreateSeuratOjbect 并遇到此错误错误时。我的数据包含两种不同类型的信息，一种是基因表达，另一种是多路复用捕获数据布局。

我认为这可能是由于两个不同数据集的共存，基于消息“10X 数据包含不止一种类型，并且作为包含每种类型矩阵的列表返回”。或者，如果我可以在我的数据集中指定列的名称，Seurat 可能会读取我的数据。

你怎么看？

伙计们。

我刚开始学习如何分析 RNAseq 数据。

在最开始的步骤中，我正在努力解决一个非常基本的问题。我试图在 R 上制作一个 Seurat 对象，但它一直失败。

HC2.data <- Read10X(data.dir = "/My/Path/scRNAseq/multi_HC/HC2/sample_feature_bc_matrix/")

10X 数据包含多个类型，并作为包含每种类型矩阵的列表返回。

HC2 <- CreateSeuratObject(counts = HC2.data, project = "HC2", min.cells = 2, min.features = 200)

CreateAssayObject(counts = counts, min.cells = min.cells, min.features = min.features) 中的错误：输入矩阵中不存在单元名称 (colnames) 名称

我认为我们必须在我的数据框中提供列名。我有如下两列。

名称（HC2.data）

[1]“基因表达”
[2]“多路捕获”

但是，没有如下列的名称。

列名（HC2.data）

无效的

接下来，我尝试根据网站（https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/colnames.html）编写此命令

colnames（HC2.data，do.NULL = FALSE）

[1] “col1”

我也尝试使用这个命令，正如与我有同样问题的人之前推荐的（ https://github.com/satijalab/seurat/issues/1650 ）。

colnames(counts) <- paste0(colnames(counts), 1:ncol(counts))

is.data.frame(x) 中的错误：找不到对象“计数”

这是我所做的。我还不熟悉R。你们能帮我创建Seurat对象吗？

我试图获得我所做的函数的多个输出

这里，marker_gene 的长度大约是几百。假设长度为100。我想得到marker_gene中每个基因的ratio_out。然而，当运行这个函数时，我只得到一个输出而不是 100 个 ratio_out 的列表。可以请任何人帮助如何解决它？

我得到的输出

是1 0.5354895。请看下图

我需要安装 seurat 新版本。我已经按照 Satija Lab 指南的指导和不同的 youtube 视频进行了尝试。我已经安装了 R 和 R 工作室以及 R 工具包。我是编程新手，知识不多。这是我点赞后得到的。我现在该怎么办。请帮忙。

我正在学习 Seurat 在 scRNA-seq 数据集中的标记基因和聚类。但是，我对术语正面标记和负面标记感到困惑。我的理解是集群的标记基因是在该集群的细胞中高度表达（高计数）的基因。假设集群 A 有 200 个基因。我的问题是：

1. 我可以说那 200 个基因是簇 A 的标记基因吗？
2. 如何确定哪些标记基因是阳性标记基因，哪些是阴性标记基因？

我试图从本质上将表型信息（pdata）添加到此数据集中的样本中。

我以以下方式加载患者 39 (PT039) 的样本信息：

然后我以以下方式添加关联的 pdata，本质上创建一个单独的数据框，除此之外PT039mat，稍后将作为 pdata 添加到 Seurat 对象中：

这将创建以下内容：

我可能想错了，但我有以下信息，PT039 存在于多个批次中。我想基本上将这个确切的数据框重新创建为PT039pdat：

我可以使用以下代码完全做到这一点：

但是，当我尝试在 UMAP 上绘制不同批次时，它无法检测到单独的可能性，如果这有意义的话。

我希望能够创建这个，但批次信息按 B1、B2、B3 等拆分。

抱歉，问题很长，但感谢您的阅读！

I have a ggplot2 graph which plots two separate violin plots onto one graph, given by this example (thanks to @jared_mamrot for providing it):

I would like to add a boxplot or other summary statistics such as those in http://www.sthda.com/english/wiki/ggplot2-violin-plot-quick-start-guide-r-software-and-data-visualization and https://www.maths.usyd.edu.au/u/UG/SM/STAT3022/r/current/Misc/data-visualization-2.1.pdf, but trying the code suggested in those places does not change the original plot.

Thanks for reading and hopefully this makes sense!

UPDATE ==========================================================================

So the above example does not reflect exactly my situation I realize now. Essentially, I want to apply statistics onto a combined ggplot2 graph that uses two separate objects as its variables (here TNBC_List1 and ER_List1) Here is an example that does (sorry for the longer example, I will admit I am having trouble creating a simpler reproducible example and I am very new to coding in general):

Extension ======================================================================

If you want to do this but with two objects (sobjlists1 and sobjlists2, for example) instead of what my example showed (two variables but one object), rbind the two and then do what @StupidWolf says

and then continue on with their code using combosobjlists:

Hope this thread helps!

在 R 上运行 Seurat 时遇到此错误。

makeClusterPSOCK(workers, ...) 中的错误：集群设置失败。4 个工作人员中有 4 个无法连接。

在安装 R 4.1 之前从未发生过。

我试过无济于事

• 并行:::setDefaultClusterOptions(setup_strategy = "sequential")
• cl <- parallel::makeCluster(2, setup_strategy = "sequential")

有什么建议（也许还有一点解释，因为我对 R 还是比较陌生）？我的电脑过热，我相信下面的命令不起作用

**选项（future.globals.maxSize = 8000 * 1024^2）

计划（“多进程”，工人= 4） **

我正在尝试运行 phateR 的教程：

https://cran.r-project.org/web/packages/phateR/readme/README.html

但它不断进入计算 kmeans 步骤，并以未知的致命错误完全崩溃 R。我已尝试使用以下步骤进行故障排除：

https://github.com/KrishnaswamyLab/phateR/issues/52

但仍然有同样的问题。

有人可以帮助我吗？谢谢你。