问题标签 [seurat]
For questions regarding programming in ECMAScript (JavaScript/JS) and its various dialects/implementations (excluding ActionScript). Note JavaScript is NOT the same as Java! Please include all relevant tags on your question; e.g., [node.js], [jquery], [json], [reactjs], [angular], [ember.js], [vue.js], [typescript], [svelte], etc.
r - 在 Python 中加载 RS4 对象
我有一个包含 Seurat RS4 对象的 rds 文件。我试着跑
并得到该文件包含一个无法识别的对象。我意识到我不能像这样加载对象，并且知道还有其他关于使用 RS4 对象的教程，但是我不确定如何首先加载文件，所以我可以使用 rpy2 的函数来将其转换为 Python 数据框。如何加载对象以便使用它？谢谢！
r - 是否可以根据条形码合并一个样本中的 2 个 seurat 对象？
我根据一些基因将我的 seurat 对象分成 2 个对象，并对其进行分析，现在我想根据它们的原始细胞再次合并它们，但是当我合并它们时，条形码发生了变化，我有一个细胞的 2 个条形码不同索引。
对象1@meta.data：
object2@meta.data
我正在寻找的结果：
但是我从合并数据中得到的结果是：merge(object1,object2)
r - 如何更改 ggpubr/ggplot2 中的 p 值标签
我正在使用 ggplot2 从 Seurat 制作模块分数的小提琴图，并且我想向其中添加统计信息。我制作了以下小提琴图，我想更改括号标签，使其显示“p < 0.13”而不是像现在这样的 0.13（感谢@StupidWolf 的示例！）。
我发现的最接近的是ggpubr：在标签和https://github.com/kassambara/ggpubr/issues/327中显示显着性水平（*** 或 ns）而不是 p 值，但我不知道如何用我创建情节的方式来实现它。
谢谢阅读！
r - 如何使用重新排序的组合 ggplot2 图表保留统计信息
我正在使用 ggplot2 从 Seurat 制作模块分数的小提琴图，并且我想向其中添加统计信息。我制作了以下小提琴图，但我想将小提琴从从左到右读取“0”和“1”切换到“1”和“0”。（感谢@StupidWolf 的示例！）
使用如何在组合 ggplot2 图中重新排序图的解决方案？，我可以通过添加重新排序图
到我现在拥有的代码的最后。但是，这样做，“Wilcoxon，p = 0.13”消失，并给出以下错误：
对于 TL;DR，我如何保持最高统计数据并重新排序小提琴？
谢谢阅读！
python-3.x - 在andas中选择一列并按字符串过滤行
我正在尝试运行 RNA 速度分析并正在使用我的 Seurat 元数据。我正在尝试遵循本教程并拥有以下单元格 ID 数据集：
我想根据字符串包含的内容从 z 列中选择单元格 ID：
当我尝试上面的代码时，我不断收到错误
在 z 周围添加引号会选择整个数据集。有人知道该怎么做吗？
r - R 中的 CreateSeuratObject 问题 - 当第一列是基因名称时，它声明“X 个样本中的 0 个特征”
我对 scRNA 数据的分析完全陌生，并且在 R 中遇到了 CreateSeuratObject 命令的问题。
本质上，我在一个名为 X 的 csv 文件中有基因表达矩阵，第一行是细胞，第一列是 ENSG 基因代码，矩阵中表示的计数数。
基因名称采用 ENSG 格式，因此我将此数据框与geneID 数据框合并，然后使用以下代码删除ENSG 列。
最终结果是一个矩阵，其中第一列是基因矩阵，第一行是细胞，计数数据在矩阵的相应位置。
但是，当我尝试使用创建 seurat 对象时
最终结果是一个 Seurat 类对象 1 个测定中 X 个样本的 0 个特征 主动测定：RNA（0 个特征，0 个可变特征）
但是，当使用代码 X <-X[,-1] 删除第一列，然后尝试再次重复创建 SeuratObject 时，它可以工作，给我一个 Seurat XXX 类的对象，在 1 个测定中跨越 19142 个样本 主动测定：RNA（XXX特征，0可变特征）
我对此感到非常困惑。为什么我无法创建包含基因名称列的 seuratObject。我已经检查过，基因名称列类是“字符”，其余列类是“整数”。对我来说，应该删除基因名称以便能够创建 Seurat 对象似乎有点违反直觉，而且我显然在某个地方出错了——有人可以帮忙吗？提前致谢！！
seurat - 如何将 Seurat 对象加载到 WGCNA 教程格式中
据我所知，只有一个关于将 Seurat 对象加载到 WGCNA 的教程（https://ucdavis-bioinformatics-training.github.io/2019-single-cell-RNA-sequencing-Workshop-UCD_UCSF/scrnaseq_analysis/scRNA_Workshop -PART6.html )。我对编程真的很陌生，所以这可能只是我的经验不足，但我不确定如何将我的 Seurat 对象加载为适用于 WGCNA 教程的格式（https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages /WGCNA/教程/）。
这是我迄今为止尝试过的：
这试图从第 I.1 部分复制 datExpr 和 datTraits：
然后我复制粘贴 WGCNA I.2a 教程 ( https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/Tutorials/FemaleLiver-02-networkConstr-auto.pdf ) 中编写的代码，这一切都有效，直到我在 I.3 教程（https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/Tutorials/FemaleLiver-03-relateModsToExt.pdf）中达到这一行：
我尝试使用 as.matrix() 将 moduleColors 和 datExpr 都转换为矩阵，但错误仍然存在。
希望这是有道理的，感谢阅读！
r - 基于 Seurat 对象的读取计数的子集数据（FetchData 中的错误）
我正在尝试根据感兴趣的基因计数对 Seurat 对象（称为 dNSC_cells）进行子集化。具体来说，我有一个基因列表，我计划遍历它们以对我的数据进行子集化并进行一些 Wilcox 测试。我到目前为止看起来像这样：
但是，它在最后一行阻塞，出现以下错误：
我也尝试过使用
但它给出了同样的错误。将非常感谢任何指针！
r - 小提琴图没有显示小提琴曲线？修拉
我有两个条件显示特定基因的表达水平。控制条件显示正常散点图 + 小提琴图，但 MS 条件只是带有散点图的垂直线。为什么 MS 条件不显示“小提琴”分布？这是否仅意味着大多数 MS 为 0？我正在使用带有 VlnPlot() 的 Seurat 包
python - 使用“monocle3”时出现关于 align_cds 的错误
最近我开始使用 monocle3 进行轨迹分析。
在我结合了我的单细胞 RNA seq 的 CDS 之后。数据集（由 cell_ranger 预处理），我试图对齐它们，但我没有找到
错误：下标包含无效名称
**数据集是人类癌症单细胞 RNA seq 的免疫细胞。数据。
任何帮助将不胜感激。