问题标签 [ggpubr]

我正在尝试使用ggpubrggtexttable中的函数创建一个可发布的表。我有一个数据框：

当我试图把它变成一张桌子时：

ggtexttable(df)

我得到错误：

(function (label, parse = FALSE, col = "black", fontsize = 12, : 未使用的参数 (label.feature = dots[[5]][ 1 ], label.observed = dots[[6]][ 1 ]，label.expected = 点[[7]][ 1 ]，label.fc = 点[[8]][ 1 ]，label.test = 点[[9]][ 1 ]，label.sig_val = 点[[10]][ 1 ]，label.p_val = 点[[11]][ 1 ])

有谁知道这可能是什么原因造成的？

这工作正常：

我正在尝试使用ggplot2和ggpubr包以星号的形式将显着性级别添加到我的箱线图中，但我有很多比较，我只想显示重要的比较。

我尝试在stat_compare_means中使用选项hide.ns=TRUE，但它显然不起作用，这可能是ggpubr包中的错误。

此外，您看到我从成对wilcox.test比较中省略了组“PGMC4”；我怎么能把这个小组排除在kruskal.test 之外？

我的最后一个问题是显着性水平如何工作？如 * 低于 0.05，** 低于 0.025，*** 低于 0.01？ggpubr 使用的约定是什么？它是显示 p 值还是调整后的 p 值？如果是后者，调整方法是什么？吗？

请在下面查看我的 MWE 以及此链接和另一个以供参考

MWE 将生成以下箱线图：

问题是：

1- 如何使 hide.ns=TRUE 工作？

2-如何增加*的大小？

3- 如何从 kruskal.test 比较中排除一个组？

4- ggpubr 使用的 * 约定是什么，显示的 p 值是否调整？

非常感谢！！

编辑

另外，做的时候

我没有获得与做时相同的 p 值

其中 mydf.sub 是 mydf 的一个子集（），用于 2 个组的给定比较。

ggpubr 在这里做什么？它如何计算 p.values？

编辑 2

请帮忙，解决方案不必与 ggpubr 一起使用（但它必须与ggplot2一起使用），我只需要能够隐藏 NS 并使星号的大小更大，以及 p 值计算相同到 wilcox.test() + p.adjust(method"BH")。

谢谢！

使用 ggboxplot 时，有没有办法自定义图例中的标签？我有一个带有图例的条形图，其中的标签取自数据框列。我想更改这些标签而不必更改列的标签。类似于scale_fill_discrete(labels=c(......)ggplot中的东西。

我对ggpubr包中的函数ggparagraph()有疑问。它的内容不是绘图。如果我使用该功能：

绘图没有任何问题，但“ggparagraph 区域”（下图）是空的。同样的问题是如果我使用自定义脚本，其中应用了 ggparagraph。

R 不打印任何错误消息。问题可能出在哪里？

我的会话信息是：

会话信息（）

R 版本 3.4.1 (2017-06-30) 平台：x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) 运行于：Windows 10 x64 (build 15063) Matrix 产品：默认语言环境： 1 LC_COLLATE=Slovak_Slovakia.1250 LC_CTYPE= Slovak_Slovakia.1250
[3] LC_MONETARY=Slovak_Slovakia.1250 LC_NUMERIC=C
[5] LC_TIME=Slovak_Slovakia.1250
附加基础包： 1 stats graphics grDevices utils datasets methods base
其他附加包： 1 ggpubr_0.1.4 magrittr_1.5 gridExtra_2.2.1 dplyr_0。 7.2
[5] purrr_0.2.3 readr_1.1.1 tidyr_0.6.3 tibble_1.3.3
[9] ggplot2_2.2.1 tidyverse_1.1.1 通过命名空间加载（未附加）： 1Rcpp_0.12.12 cellranger_1.1.0 compiler_3.4.1 plyr_1.8.4
[5] bindr_0.1 forcats_0.2.0 tools_3.4.1 jsonlite_1.5
[9] lubridate_1.6.0 nlme_3.1-131 gtable_0.2.0 lattice_0.20-35 [13] pkgconfig_2 .0.1 rlang_0.1.2 psych_1.7.5 parallel_3.4.1
[17] Have_1.1.0 bindrcpp_0.2 xml2_1.1.1 stringr_1.2.0
[21] httr_1.2.1 hms_0.3 cowplot_0.8.0 grid_3.4.1
[25]glue_1.1.1 R6_2.2.2 readxl_1.0.0 foreign_0.8-69
[29] reshape2_1.4.2 modelr_0.1.1 scales_0.4.1 rvest_0.3.2
[33] assertthat_0.2.0 mnormt_1.5-5 colorspace_1.3-2 labeling_0.3
[37] stringi_1.1.5 lazyeval_0。 2.0 munsell_0.4.3 扫帚_0.4.2

我尝试创建一个散点图，即 x 轴上从 0 到 25 的区域的背景是红色，从 25 到 75 的区域是黄色，从 75 到 100 的区域是绿色的，所以你可以立即看到哪些值是批判的。

我查找了有关该主题的所有问题，但似乎没有一个适合我的问题。这是一个简短的可重现示例：

我更喜欢使用 ggpubr 进行绘图，但它与 ggplot2 完全兼容。我很感激任何帮助。提前致谢！

编辑：显然 ggpubr 不是此任务的最佳解决方案，因为这些点位于彩色区域后面的背景中。使用 ggplot2 的解决方案是：

我比较了三个不同组的分类数据。

我想知道是否可以轻松地将卡方检验的 p 值添加到 facet ggplots（因为我正在分析一个大数据集）。我刚刚读到在比较手段时有一种奇妙的方法可以做到这一点https://www.r-bloggers.com/add-p-values-and-significance-levels-to-ggplots/。但是，我找不到其他测试的解决方案（比如我的 chisq.test）。

非常感谢您的帮助！;D

我需要帮助在 ggplot boxplot 上添加调整后的 p 值（例如 bonferroni）而不是 p 值。我尝试stat_compare_means通过在美学上使用 ggpub 包来做到这一点..p.adj..，但是当我添加比较列表时它不起作用。

我正在尝试创建一个交互条形图，在每个条形上方放置平均分隔字母。我无法弄清楚如何定位标签以便躲避它们。任何帮助，将不胜感激。

在这里，我使用基于牙齿生长数据集的数据：

我正在使用以下数据框：

并尝试使用 ggplot2 绘制图，其中箱形图和点按“组织”分组并按“基因型”交错显示。这似乎运作良好，但是，我注意到在我的传说中，有一个额外的“a”被形状覆盖。

如果我隐藏 scale_color_manual 图例，它会删除“a”，但也会从图例中删除颜色。我错过了什么吗？

谢谢你的帮助！

我正在使用以下数据框：

并尝试使用 ggplot2 绘制图，其中箱形图和点按“组织”分组并按“基因型”交错显示。显着性值显示正确，但我想添加线条来表示正在进行的比较，并让它们从每个“miR-15/16 FL”箱形图的中心开始，到每个“miR-15/”的中心结束16 cKO”箱线图，位于显着性值的正下方。下面是我用来生成绘图的代码：

谢谢你的帮助！