r - 通过比较将调整后的 p 值添加到 ggplot

Question

我需要帮助在 ggplot boxplot 上添加调整后的 p 值（例如 bonferroni）而不是 p 值。我尝试stat_compare_means通过在美学上使用 ggpub 包来做到这一点..p.adj..，但是当我添加比较列表时它不起作用。

ggplot(data= mydf, aes(x=B,y=A)) + 
  geom_boxplot() + 
  stat_compare_means(aes(label=..p.adj..),
                     comparisons = list(c("x","y"),c("x","z"),c("y","z")))

Answer 1

这个怎么样;

library(ggplot2)
library(ggpubr)
mydf <- data.frame(A=1:300, B=rep(c("x","y","z"),100))
my_comparisons<- list(c("x","y"),c("x","z"),c("y","z"))

p<- ggplot(data= mydf, aes(x=B,y=A)) + geom_boxplot() +
  theme_bw()+
  stat_compare_means(aes(label=..p.adj..), comparisons = my_comparisons,
                     label.x = 1.5, label.y = 300)
#  Add p-value
p + stat_compare_means(label.y = 280, label.x = 1.2)

# Change method
p + stat_compare_means(method = "anova", label.y = 260, label.x = 2.2)

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