问题标签 [ggpubr]
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r - ggplot y轴调整和统计
我正在使用mtcars
数据集运行条形图,添加统计数据以进行组比较。使用下面的代码,我得到了与 ** 的统计比较
但是,我想调整 ylim。当我运行下面的代码时,统计比较丢失了(我猜是移出视图)。无论如何调整 ylim 并保持统计数据
r - ggplot / ggpubr:导出绘图时忽略annotate_figure
我正在尝试注释我ggarrange()
从ggpubr
包中安排使用的绘图网格。为此,我annotate_figure()
在绘图生成后使用该函数。
我的问题:当以交互方式进行时(即不使用我的绘图创建文件)它工作得很好,但是当我导出文件时(使用ggexport()
),注释没有显示。
示例: 参见文档中给出的示例
这完美地工作。但是,如果我添加ggexport(figure, "whatever.pdf")
,创建的文件将不包含注释。
知道如何解决这个问题吗?
r - ggarrange in for 循环和 pdf 中的多个页面
这是我的问题:我正在循环我的数据。对于循环的每次迭代,我创建了 3 个在同一页面上组织的图,并且我希望每次迭代都有一个页面存储在同一个 pdf 文件中。
我正在使用 ggpubr 包中的 ggarrange (我希望情节 3 显示在第二行并跨越 2 列)。
这是我如何进行的(在一些测试数据上):
我创建测试数据框:
我在对象中创建和存储图:
这有效:
这不起作用(它不会引发错误,但 pdf 文件不包含任何页面):
我想也许嵌套的 ggarrange 可能是一个问题,但这也不起作用:
我还意识到在 for 循环中打开和关闭 pdf 文件也失败了:
编辑!我发现使用 gridExtra 包中的 grid.arrange 的替代方法有效:
但我仍然很想知道为什么它会因 ggarrange 代码而失败,所以有人知道如何处理这个问题吗?
谢谢!
r - ggpubr -> ggline plot:无法重现具有多个因素的示例
我感觉 R 在我的系统上无法正常工作。
我想使用交互图来展示我的双向 ANOVA 结果。所以我使用了包 ggpubr 并使用带有多个因素的示例使用 ggline 进行绘图。它没有正确显示误差条,而是为每个因素显示它们,而是对因素进行分组,并且条也显示为黑色(见下图)。
所以我使用包描述中的确切示例对其进行了测试(http://www.sthda.com/english/articles/24-ggpubr-publication-ready-plots/79-plot-meansmedians-and-error-bars) :
哪个应该给我这个图表:
但是,在我的系统上,我得到了这个:
我已经:
- 更新了 ggpubr 包和所有其他包
- 从头开始完全重新安装 R
- 问软件包开发人员,似乎没有软件包错误,因为它对他有用
有人可以重现同样的问题吗?我真的不知道如何解决它,而且我也觉得 R 也可能会弄乱其他图表。
非常感谢。
r - 添加 p 值以比较组意味着在 gganimate gif 中使用箱线图/小提琴有时会有所不同
我当前使用 gganimate 打印小提琴的代码如下所示
这里打印了 p 值,但它们只是总体 p 值。我希望 p 值随时间变化(0、6 和 12 周)。在我的研究中,每个结果测量(二头肌)是在三个不同的时间(0、6 和 12 周或时间 1、时间 2、时间 3)进行的,如果我能在时间 0 显示不断变化的 p 值,那就太好了, 6, 12. 在这里,我将使用非配对 t 检验来比较饮食/治疗的组均值。
或者,在“3”时间的二头肌与“1”时间的二头肌比较两种饮食的末尾处显示 p 值(配对 t 检验)。
我该怎么做呢?感谢您阅读本文。
数据结构
可重现的 gganimate 代码
r - 用于配对 Wilcoxon 检验的带有 p 值的动画小提琴/箱线图
我正在尝试为 R 中的配对 wilcox 测试添加 p 值。我正在使用以下代码。下面的代码为两种饮食(治疗)创建结果读数(二头肌)的小提琴(密度分布)。这些小提琴在时间 1、时间 2、时间 3 上动画。图的顶部打印 p 值。我希望这些 p 值是成对的值,这样
对于饮食“a”,将时间 2 的二头肌读数与时间 1 进行比较,并将时间 3 的二头肌读数与时间 1 进行比较。
饮食“b”也是如此。因此,在时间 2 和时间 3 的小提琴顶部应该有两个单独的 p 值。指示饮食“a”和饮食“b”的配对测试(时间 2 与时间 1 和时间 3 与时间 1) .
这个测试的正确代码应该是什么?我根据昨天收到的建议在下面尝试了一些方法,但遇到了错误。我还认为下面的代码只是对时间 2 与时间 1 和时间 3 与时间 2 进行配对测试。这不是我想要的。
谢谢阅读。
示例数据
示例代码
这是我得到的错误
r - ggpubr:如何获取小提琴/箱线图的汇总统计信息
我是这个ggpubr
包裹的新手,但到目前为止发现它很棒。但是,我还没有设法从箱线图中获取计算值(范围、IQR 等)。通常$stats
参数会这样做,但现在我得到的只是NULL
.
有什么建议么?
r - R ggscatter p值四舍五入?
亲爱的朋友们
我目前正在使用 R 使用 ggscatter 绘制加速度计派生数据。由于数据高度相关,因此绘制的 p 值四舍五入为 1,从科学上讲,这有点......我们称之为怪异。当我查看可以传递给 ggscatter 的参数时,没有发现任何有用的东西,我正在寻求帮助。如何确定 ggscatter 如何以小数位数显示 p 值。
我的来源看起来像:
任何提示都非常感谢!- 克劳迪奥