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我用来创建 umap 的主要参数是min_dist,a和b. 我设置了min_dist=0.5, ，当使用所有特征（大约 10K 到 30K 特征）时a=1，b=1它最初为大多数数据集提供了有意义的低维表示。但是当我通过特征选择方法减少数据的特征数量时（选​​择了 200-500 个特征），那么低维 umap 表示不再显示任何意义（例如 - 它变得非常稀疏和粘稠） .然后我必须不断调整参数以使 2D 可视化有意义。

有什么方法可以克服手动调整的必要性，并根据所选特征的数量来概括参数值？

PS - 我不是数学系的学生，对 umap 的工作原理有一个非常模糊的“理解”。我自己还没有实现算法。我在单细胞数据上使用 seurat 包的 RunUMAP 函数。

我正在使用 Seurat 包分析六个单细胞 RNA-seq 数据集。

这 6 个数据集是通过每个不同的 10X 运行获得的，然后通过 Seurat 函数“FindIntegrationAnchors”与批效应校正相结合。同时，在这6个数据集中，数据1、2、3和4是“未处理”组，而数据5和6属于“处理”组。我将所有 6 个数据集与批量校正合并在一起，但我还需要比较“未处理”与“处理”的特征。

如何将数据1、2、3和4分组为“未处理组”，将数据5和6分组为“处理组”，然后进行下游分析？

谢谢。

我已经被这个问题困住了一段时间。我已经在我的 Mac (Catelina) 上安装了一个包 Seurat，但是当调用这个库时，R 将崩溃并显示以下消息：

OMP：错误 #15：正在初始化 libomp.dylib，但发现 libomp.dylib 已经初始化。OMP：提示 这意味着 OpenMP 运行时的多个副本已链接到程序中。这是危险的，因为它会降低性能或导致不正确的结果。最好的办法是确保只有一个 OpenMP 运行时链接到进程中，例如通过避免在任何库中静态链接 OpenMP 运行时。作为一种不安全、不受支持、未记录的解决方法，您可以设置环境变量 KMP_DUPLICATE_LIB_OK=TRUE 以允许程序继续执行，但这可能会导致崩溃或默默地产生不正确的结果。有关详细信息，请参阅http://openmp.llvm.org/ 中止陷阱：6

我四处搜索，这似乎是 MacOS 问题，可能与 conda 有关。但我的机器上没有 conda。

我也酿造了llvm，没用。

请帮我解决这个问题。

谢谢！

我有一个非常大的稀疏矩阵（4,941,643,682 个元素，内存中的 5.6Gb R 对象），我需要将其转换为 3 列 data.frame（行、列、值），然后将其转储到文本文件中以进行进一步处理。

我尝试过这里描述的“总结”方法，但没有成功（我之前曾在其他数据集中成功使用过这种方法）。由于数据的“S4 性质”，summary 方法不再返回矩阵，而只是这个描述。

尝试将对象转换为矩阵也不起作用：

此数据来自我必须使用Seurat包打开的 hdf5 文件。

我也尝试过使用 Seurat::as.sparse() 函数，但它返回的 S4 对象类型与我无法转换为 data.frame 的类型相同。并且“as.data.frame”和“as.data.frame.matrix”试图创建一个 245k 列 x 20k 行的 data.frame。

是否有 S4 方法将稀疏矩阵转换为“行名”、“列名”、“值”数据帧？

我想用来VlnPlot画图。

VlnPlot 中的错误（hc_mild_severe_integrated, features.plot = c("CXCL2", : 未使用的参数 (features.plot = c("CXCL2", "IL1A"))

我已经被这个问题困了好几天了。

我正在构建一个闪亮的应用程序，用户在其中选择一个数据集，然后服务器将读取相应的 .rds 文件并渲染绘图。绘图工具需要 Seurat 包。

当我在本地测试时，它可以工作。然后我部署到我们大学托管的闪亮服务器上，这些应用程序在 Rstudio 服务器上也运行良好。

但是，当我通过外部链接时，没有渲染图，说“发生错误。检查您的日志或联系应用程序作者进行澄清。”

我四处搜索，发现可能与环境相关的原因：

1. 我确实检查了文件路径，并且由于我已经在同一台机器上进行了测试（Rstudio 服务器与闪亮服务器相同），这可能不是问题吗？
2. 包当我在闪亮的 app.R 的开头加载库（Seurat）时，外部链接会失败，但 Rstudio 服务器运行良好。所以我尝试 ggplot2 来测试它是否是一个包问题，它加载没有问题，并且绘制了图。

具体来说，似乎是Seurat兼容性问题，但为什么在同一台机器上它在Rstudio服务器上工作？Seurat 社区说这个问题已经在新的 CRAN 版本（3.2.0）中得到解决，但为什么我仍然遇到这个问题？如何解决它..？？

这些是我注意到的，希望各位高手能给我一些想法……

以下是读取 .rds 和渲染绘图的代码：

Rstudio 服务器的输出：

服务器输出（用户端）：

我正在尝试打开一个文件，但似乎遇到了错误。

这是我在 RStudio 中正在做的事情：

然后我得到这个错误：

eval(call("@", object, slot)) 中的错误：对于“Seurat”类的这个对象，没有名称为“images”的插槽

RDS 文件需要 Seurat，但我已正确安装。我不确定如何解释此错误消息。谢谢

尊敬的全球专家，

您好，我正在使用 Seurat 分析整合的单细胞 RNA-seq 数据。我确认了 Dimplot 的默认配色方案，如下所述。

但我想更改 Dimplot 的当前默认颜色。所以，我通过下面的评论进行了尝试。它在 Dimplot 中成功更改了颜色，但是这个更改的调色板不适用于下游分析（例如 DoHeatmap 中的集群标签栏..）。

有没有办法改变 Dimplot 的默认配色方案并将其应用于所有下游分析？

谢谢！

我有 R 版本 3.5.2。直到 7 月，我安装和运行 Seurat 和 devtools 都没有问题。我知道 R 版本 4 现已推出，Seurat v3 需要安装 R 3.6 或更高版本。最近，我打开了 Rstudio（也恰好是旧版本 1.1），并尝试运行 Seurat 命令。当这不起作用时，我尝试使用 CRAN 再次安装 Seurat： install.packages("Seurat") 我还使用了 Biocmanager。两次，我都收到一条错误消息，说 Seurat 不适用于 R 3.5.2。那么，在一个月左右的时间里到底发生了什么？！之前运行良好。另外，我无法安装和运行 devtools。我收到一堆错误消息，说某些依赖项不可用和“无零退出状态”消息。这是什么意思呢？我需要升级到新版本吗？谢谢！

我正在尝试制作一个非常简单的 conda 环境，仅将 r-seurat 作为依赖项。我的环境 yaml 如下所示：

我正在创建它conda env create -n myenv -f envs/myenv.yaml

我收到以下错误：

没有其他的。这一定是最无用的错误信息。有没有人遇到过类似的问题？我已经更新了 conda。

我在 macos catalina 10.15.6 中运行它，conda 版本为 4.8.4