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我已经被这个问题困了好几天了。

我正在构建一个闪亮的应用程序，用户在其中选择一个数据集，然后服务器将读取相应的 .rds 文件并渲染绘图。绘图工具需要 Seurat 包。

当我在本地测试时，它可以工作。然后我部署到我们大学托管的闪亮服务器上，这些应用程序在 Rstudio 服务器上也运行良好。

但是，当我通过外部链接时，没有渲染图，说“发生错误。检查您的日志或联系应用程序作者进行澄清。”

我四处搜索，发现可能与环境相关的原因：

  1. 我确实检查了文件路径，并且由于我已经在同一台机器上进行了测试（Rstudio 服务器与闪亮服务器相同），这可能不是问题吗？
  2. 包当我在闪亮的 app.R 的开头加载库（Seurat）时，外部链接会失败，但 Rstudio 服务器运行良好。所以我尝试 ggplot2 来测试它是否是一个包问题，它加载没有问题，并且绘制了图。

具体来说，似乎是Seurat兼容性问题，但为什么在同一台机器上它在Rstudio服务器上工作？Seurat 社区说这个问题已经在新的 CRAN 版本（3.2.0）中得到解决，但为什么我仍然遇到这个问题？如何解决它..？？

这些是我注意到的，希望各位高手能给我一些想法……

以下是读取 .rds 和渲染绘图的代码：

# read .rds
germ <- readRDS(file.path(paste("/srv/shiny-server/GermlinAtlas/data/",input$dataset,".rds", sep="")))

# render plot
observeEvent(input$dataset, {
  if (is.null(input$dataset)) return(NULL)
     if (is.null(input$gene)) return(NULL)
          infile <- isolate(input$dataset)
          germ <- readRDS(file.path(paste("/srv/shiny-server/GermlinAtlas/data/",infile,".rds", sep=""))) # read .rds
          gene <- isolate(input$gene)
          
          x <- rnorm(100)  # for ggplot test
          y <- rnorm(300)  # for ggplot test
          output$dim <- renderPlot({
            DimPlot(germ, reduction = "umap") # plot with Seurat
            plot(x,y[1:100]) # plot with ggplot2
          })
          output$featureplot <- renderPlot({
            FeaturePlot(germ, input$gene) # plot with Seurat
          })
        })

Rstudio 服务器的输出： Rstudio 服务器的输出：

服务器输出（用户端）： 在此处输入图像描述

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