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我有一个对象（Seurat 对象），我需要从中获取某些数据

需要此数据作为向量，但我不知道如何从中提取“#CC0C00FF”“#5C88DAFF”等。

为了将此数据交给下一个函数，结果应如下所示：

提前致谢！

假设我有一个名为 seur 的 Seurat 对象，其元数据包含一个名为“count”（双精度列表）的列，该列显示某个单元格出现了多少次。我想使用 FeaturePlot 工具在我的 UMAP 上绘制计数，以便通过颜色渐变查看高计数在哪里。

然而，当我这样做时：

我得到错误：

如何解决此错误和/或正确使用 FeaturePlot？

我有一个 for 循环，它将每个样本文件放在一个列表中，为该样本创建一个矩阵，然后将其存储到所有样本矩阵的一个大列表中。

这是我到目前为止所做的：

这是输出： 一个大列表中的部分输出

我希望循环将每次迭代的结果存储到它自己的矩阵中，所以如果有意义的话，我有多个矩阵而不是一个巨大的矩阵列表。我认为这涉及将这个巨大的列表拆分为子列表，或者将循环的结果存储到矩阵/数组/向量而不是列表中，或者以某种方式将每次迭代存储到循环中自己的变量中。我不知道该怎么做。

谢谢阅读！

更新：

所以这一切的重点是创建矩阵，然后将它们组合成一个矩阵。然后将这个矩阵变成一个 Seurat 对象，然后我可以对其进行聚类。

所以这就是我到目前为止所做的：基本上，我在数据集中对每个组进行了多个循环，添加了我需要的任何信息，然后获取列表，我认为我需要的函数实际上获取了一个列表，这对我有好处. 这是我目前决定的代码：

等等。然后，按照https://satijalab.org/seurat/articles/integration_large_datasets.html

我不知道这是否确实有效，但我想我会更新这个问题以反映我到目前为止所学到的东西！我想我学到的教训是看看你是否能找到一个将列表作为输入的函数嘿嘿。

My dataset is very strange. When I create the Seurat object and load the metadata for it, all of the values in the nCount_RNA are decimal values instead of integers. How should I interpret this? Is there an issue with the data itself or something I can do to work around this? I ask because later on in my analysis, the functions can't seem to find the nCount_RNA object, and I believe the decimal values are the reason why.

Metadata for Seurat Object

Here is the code I used to create this object:

Hopefully this isn't too vague, and thanks for reading!

我正在使用 Seurat 执行单细胞分析，并且有兴趣导出每个集群中所有细胞的数据。我尝试使用下面的代码，但没有成功。

我的 Seurat 对象被称为Patients. 我还附上了我的 Seurat 对象的屏幕截图。我正在寻找提取所有集群（即Ductal1, Macrophage1, Macrophage2, 等...）

我是 R 和编码的新手，因此非常感谢任何帮助！:)

我一直在尝试制作一个函数来查看每个簇中基因表达的比率。我可以通过将数据集表示为数据框然后分析数据集的子集来做到这一点。但是，我想直接从数据集本身（胶质母细胞瘤）中获取这些信息，而不是制作该数据集的子集。我的意思是，在创建名为“胶质母细胞瘤”的 Seurat 对象然后使用 FindAllMarkers 等功能来查找标记基因和聚类后，我得到了元数据（存储在“胶质母细胞瘤”中的数据）。我使用函数 str(glioblastoma) 来查看存储的数据，如下所示。是否有可能（我确定可以，但我不知道如何开始）从该 str（胶质母细胞瘤）中找到每个簇中每个标记基因表达的比率？请检查这个

这是我一直试图做的功能

我知道我的过滤器(gene == marker_in & cluster == cluster_in) 是错误的，但我不知道如何修复它。

有人可以帮忙吗？我是使用来自 Seurat 对象的参数的函数的新手。谢谢你。

我已经解决了我发布的关于如何从 Seurat 对象的元数据中提取数据的问题。但是，我想做更多的分析，想知道标记基因在其簇外表达的比例。我得到了这个函数，但它产生了在 cluster_in 之外表示的 marker_in 的比率，而不是在其集群之外表示的 marker_in 计数的比率。有人可以帮忙吗？

例如，CXCL8 是簇 0 的标记基因， ratio_out_3("CXCL8", 1) 将打印簇 1 外表达的 CXCL8 的比率，但我想要的是簇 0 外的 CXCL8 的比率（因为 CXCL8 是集群 0)。有没有办法在没有集群 0 的情况下对标识（胶质母细胞瘤）进行子集化？谢谢你。

我有一个带有定义集群的 Seurat 对象。我需要提取由集群中至少 10% 的细胞表达的所有基因的列表。我需要为我拥有的每个集群分别重复它。

我知道一种代码可以潜在地从整个 Seurat 中提取至少 10% 的细胞表达的基因：

但这不是我想要的。而且我不确定如何修改它以包含集群名称（考虑到它是正确的）。我将集群名称存储在名为“cluster_names”的元数据变量中。

我将不胜感激任何帮助

体重

我最近正在学习 R 中的函数。我成功地使这个功能工作

它将打印： Joining, by = "gene"

'基因 NKD1 是簇 8 的标记基因，但在 CTACCCTAAGGTCATA-1 位点中不表达'

'基因 RPL8 是簇 8 的标记基因，但不在 CTACCCTAAGGTCATA-1 位点中表达'

'基因 TSPAN13 是簇 8 的标记基因，但在 CTACCCTAAGGTCATA-1 位点中不表达'

'基因 HSBP1 是簇 8 的标记基因，但在 CTACCCTAAGGTCATA-1 位点中不表达'

'基因 BHLHE41 是簇 8 的标记基因，但不在 CTACCCTAAGGTCATA-1 位点中表达'。

然后，我尝试使用 for 语句为这个函数创建一个更简单的函数来获得更通用的样本数量，我试试这个

当我调用 check_spot() 时，它不会显示错误，也不会显示输出。可以请任何人帮忙，这样我就可以获得第一个函数所示的类似结果（但一般来说，更多的标记）？即使我只为标记 5 取样，它仍然不起作用。非常感谢。

我正在尝试按细胞簇从 Seurat 导出我的数据。到目前为止，下面的代码可以工作，但是它将每个集群导出到一个单独的 .csv 文件中，我需要将它全部放在 1 个 csv 文件中。此外，总共有 11 个簇，但我只想提取其中的 5 个簇（即 Ductal1、Ductal2、Macrophage1、Macrophage2、Macrophage3），所以我也不确定该怎么做！

“病人”是我的修拉对象，供参考！

另外，这里是我的 Seurat Object 的截图

我是编码新手，所以任何帮助将不胜感激！