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我正在尝试按细胞簇从 Seurat 导出我的数据。到目前为止，下面的代码可以工作，但是它将每个集群导出到一个单独的 .csv 文件中，我需要将它全部放在 1 个 csv 文件中。此外，总共有 11 个簇，但我只想提取其中的 5 个簇（即 Ductal1、Ductal2、Macrophage1、Macrophage2、Macrophage3），所以我也不确定该怎么做！

“病人”是我的修拉对象，供参考！

 #Exporting as Counts File

meta.data.cluster <- unique(Idents(Patients))

for(group in meta.data.cluster) {
  group.cells <- WhichCells(object = Patients, idents= group)
  data_to_write_out <- as.data.frame(GetAssayData(Patients,slot = 'counts')[,group.cell])
  write.table(data_to_write_out,row.names=TRUE,col.names=TRUE, file = paste0(group, "_cluster_countfile.txt"), sep='\t', quote=F)
}

另外，这里是我的 Seurat Object 的截图 在此处输入图像描述

我是编码新手，所以任何帮助将不胜感激！

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