我尝试制作函数图或我的前 20 个基因。这就是为什么我创建了一个数据框列表，这些数据框存在或不同的列包含值和名称。数据框中的这些列之一是基因列。我的代码将前 20 个基因变成了函数图。但是现在我在一些存在少于 20 个基因的数据框中遇到了问题。这会导致我的代码中止。

因为我希望每页最多 5 个函数图，所以我不能只定义一个计数器。

谢谢你的反馈。

我的列表或数据框 listGroups 示例

代码

我想创建一个只表达某些基因的细胞子集。这是我的编码，但它总是显示

'没有通过命名参数'

我不知道如何纠正。

将一个简单的应用程序部署到 shinyapps.io 时，我遇到了一个令人尴尬的错误。该应用程序只需要一个包“Seurat”，我通过库（Seurat）在 server.R 中加载它。但是当我将它部署到 shinyappsio.io 时，它停止并显示：

虽然这似乎是一个简单的存储库规范问题。所以我尝试更改存储库：

这没有帮助，然后我尝试了：

并选择“BioC 软件”，它也无济于事。为 Bioconductor 包 Seurat 指定的错误：

然后我发现 Seurat 甚至不是生物导体包，应该与 r CRAN 一起找到： https ://cran.r-project.org/web/packages/Seurat/index.html

我脑子里没有其他解决方案。谁能帮帮我？谢谢！

这是当前选项（“repos”）：

这是我的会话信息：

我想用 Seurat 在 R 中进行分析，但为此我需要一个带有读取计数的计数矩阵。但是，我想使用的数据是在TPM中提供的，它不适合用作输入，因为我想与其他使用读取计数的分析进行比较。

有谁知道将 TPM 数据转换为读取计数的方法？

提前致谢！

我对为什么这段代码不断抛出错误感到非常困惑。

功能没那么重要，到了线就行了

它抛出错误

nFeature_RNA_lower为什么在函数中定义时找不到？当我尝试在错误行上方打印一行时，它会毫无问题地打印它。当我在全局环境中逐行运行代码时，一切正常，但是当我将它变成一个函数时，它突然找不到nFeature_RNA_lower.

这非常令人困惑，有人可以帮助我理解吗？谢谢！

我正在尝试使用 Seurat 中的 DoHeatmap 函数来显示一些已定义集群中许多基因的表达。B_cells 是我的修拉对象。

我又收到了这个错误；

当我查看 Seurat 对象中的行数和列数时；

对不起，如果这是一个愚蠢的问题，但我已经坚持了一段时间了。

编辑回溯（）：

我正在尝试为来自人类样本和 ptx 样本的单细胞数据创建一个 umap。我可以获得显示不同集群的 umap 图，但我想显示 ptx 样本和人类样本的位置。

我的代码如下：

我正在尝试遵循 Seurat 网站上的教程。 https://satijalab.org/seurat/v3.1/pbmc3k_tutorial.html

加载数据时出现错误。

加载 PBMC 数据集

pbmc.data <- Read10X("1_Guided_tutorial/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz")

Read10X 中的错误（“1_Guided_tutorial/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz”）：提供的目录不存在

如图所示，我已经设置了我的工作目录。谁能让我知道是什么问题？谢谢！

我正在尝试使用 Monocle（不是 Monocle3）将 Seurat3 对象中的数据集作为轨迹的子集，如下所示：

然后使用newCellDataSet构造单片眼镜CDS(mono_cds)，调用reduceDimension时出现错误：

问题可能是Seurat对象的子集引起的，如果我不子集数据集并使用整个Seurat3对象构建单片CDS，没有问题。

我正在使用 monocle_2.99.3 和 Seurat 3.1.2。

有什么帮助吗？谢谢！

我正在使用 Seurat 对象，在进行一些质量控制之后，我有一列元数据，称为discard包含TRUE或FALSE基于有问题的行是否未通过 QC 并应被删除。我该怎么做呢？我已经尝试了所有subset可以找到文档的不同风格，但唯一没有给我错误的方法是subset(object, object@meta.data$discard)它给了我一个只有应该丢弃的行的矩阵！subset(object, subset!=object@meta.data$discard)这种类型的物体显然是不可能的。我怎么能做到这一点而不迭代制作一个称为“保持”或同样荒谬的逆 QC？任何帮助感激不尽！