r - 加载数据错误（Read10X，Seurat - Guided Clustering Tutorial）

Question

我正在尝试遵循 Seurat 网站上的教程。 https://satijalab.org/seurat/v3.1/pbmc3k_tutorial.html

加载数据时出现错误。

加载 PBMC 数据集

pbmc.data <- Read10X("1_Guided_tutorial/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz")

Read10X 中的错误（“1_Guided_tutorial/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz”）：提供的目录不存在

如图所示，我已经设置了我的工作目录。谁能让我知道是什么问题？谢谢！

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("multtest")

library(dplyr)
library(Seurat)
library(patchwork)

# Load the PBMC dataset
pbmc.data <- Read10X(data.dir = "1_Guided_tutorial/pbmc3k_filtered_gene_bc_matrices.tar.gz")

Answer 1

几分钟前我被这个问题困住了，现在我找到了解决方案。

尝试使用这些代码：

install.packages("Seurat")
library(Seurat)
install.packages(c('dplyr','patchwork'))
library(dplyr)
library(Seurat)
library(patchwork)

为了安装scRNA分析的环境