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我有这个清单：

file_name <- list.files(path = "./GSE124395/", pattern = "\\.csv$",full.names = TRUE)

我想获取该列表中的每个文件名并为每个文件名运行以下代码，以便将此列表中的每个项目都放入自己的矩阵中

P301_3_matrix <- read.delim(file = './GSE124395//GSM3531672_P301_3_CRYOMIXED11.coutt.csv')

P301_3_matrix <- data.frame(P301_3_matrix[,-1], row.names=P301_3_matrix[,1])
P301_3_matrix <- as.matrix(P301_3_matrix)

P301_3_colname <- read.table(file = './GSE124395//GSE124395_celseq_barcodes.192.txt', header = FALSE, row.names = 1)
P301_3_colname <- data.frame(P301_3_colname[,-1], col=P301_3_colname[,1])
P301_3_colname <- as.matrix(P301_3_colname)
dim(P301_3_colname)
colnames(P301_3_matrix) <- P301_3_colname[,1]

这是此代码的输出：在此处输入图像描述

我想为每个“./GSE.csv”文件重复此代码，并使用 ./GSE 文件名中的信息更改 P301_3_matrix 名称。

到目前为止，这是我的尝试，但它返回错误：文件中的错误（文件，“rt”）：无效的“描述”参数

matrix_list <- list()               # Create empty list
matrix_list

for (i in 1:length(file_name)) {
  for (i in file_name){
    matrix <- read.delim(file = file_name[i])
  
  matrix <- data.frame(matrix[,-1], row.names=matrix[,1])
  matrix <- as.matrix(matrix) #<- makes the excel file into a matrix
  
  matrix_colname <- read.table(file = './GSE124395//GSE124395_celseq_barcodes.192.txt', header = FALSE, row.names = 1)
  matrix_colname <- data.frame(matrix_colname[,-1], col=matrix_colname[,1])
  matrix_colname <- as.matrix(matrix_colname)
  dim(matrix_colname)
  colnames(matrix) <- matrix_colname[,1]
  
  matrix_list[[i]] <- matrix
  
  }
 
}

希望这是有道理的，感谢阅读！

更新：我在下面的评论中给出了答案

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好的，所以我认为这部分地回答了我的问题。这会为每个文件名生成一个矩阵列表。

mylist<-list.files(path = "./GSE124395/", pattern = "\\.csv$",full.names = TRUE)

LoopList <- list()

for (i in 1:length(mylist)){
  
  matrix_input <- read.delim(file =mylist[i])
  matrix_input <- data.frame(matrix_input[,-1], row.names=matrix_input[,1]) 
  matrix_input <- as.matrix(matrix_input) 
  
  colname_input <- read.delim(file =mylist[i])
  colname_input <- read.table(file = './GSE124395//GSE124395_celseq_barcodes.192.txt', header = FALSE, row.names = 1) 
  colname_input <- data.frame(colname_input[,-1], col=colname_input[,1]) 
  colname_input <- as.matrix(colname_input) 
  colnames(matrix_input) <- colname_input[,1] 
  
  LoopList[[i]]<-matrix_input
}

LoopList[1:5]

希望这对其他人有帮助！

于 2021-02-27T02:13:57.577 回答
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read_expression_csv = function(file){
    table = read.delim(file)
    table = data.frame(table[,-1], row.names = table[,1])
    as.matrix(table)
    }


read_barcodes = function(file){
    barcodes = read.table(file, header=FALSE, row.names=1)
    barcodes = data.frame(barcodes[,-1], col=barcodes[,1])
    as.matrix(barcodes)
    }


get_expression_matrix(file, barcodes){
    expr = read_expression_csv(file)
    colnames(expr) = barcodes
    expr
    }


barcodes = read_barcodes("./GSE124395//GSE124395_celseq_barcodes.192.txt")[,1]

files <- list.files(path = "./GSE124395/", pattern = "\\.csv$",full.names = TRUE)
expressions = lapply(files, get_expression_matrix, barcodes=barcodes)
names(expressions) = files

无需预先分配结果列表，这要归功于lapply.

我只是将您的代码放入几个函数中以隔离并命名其逻辑。不能保证它在没有 CSV 文件的情况下也能正常工作。我几乎可以肯定你正在做一些奇怪的事情read.delim，简单read.table的适当的参数化应该可以很好地工作。毕竟，read.delim只是一个包装read.table。

于 2021-02-15T02:16:22.520 回答