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我正在尝试在 RStudio 中运行 Seurat 管道(Windows 10,这需要安装 python 库“umap-learn”(Seurat 演练:https ://satijalab.org/seurat/v3.0/pbmc3k_tutorial.html )。

要安装所述库,我以以下方式在 R 中使用网状库:

library(reticulate)
py_install(packages = 'umap-learn')

我收到以下错误:

Error in conda_python(envname = envname, conda = conda) : 
  conda environment r-reticulate not found

我已经尝试了几乎所有我能想到的:

  • 直接为 py_install 提供 python 的路径
  • 卸载/重新安装 RStudio
  • 卸载/重新安装 Anaconda
  • 尝试将 Anaconda 添加到系统路径
  • 使用 Reticulate 的 devtools 版本
  • 使用 use_python 函数:use_python("C://Users/lvlah/Anaconda3/python.exe")

我对此束手无策——我的同事都没有遇到过这个问题。任何帮助,将不胜感激。

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我遇到了同样的问题,似乎一个问题是您需要首先手动创建r-reticulate环境。我在 Anaconda Navigator 中手动完成,但您也可以conda_create("r-reticulate")在 R 中完成,如本教程中所述。

于 2019-05-08T14:40:46.017 回答
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我遇到了完全相同的问题,在找到这篇有用的帖子后,我通过安装 OpenSSL 解决了这个问题。希望这对你有用!

于 2019-05-03T19:17:07.847 回答