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我正在使用一个名为“Seurat”的 R 包进行单细胞 RNA-Seq 分析，并且我正在尝试从插槽名称“数据”中删除 seuratobject（s4 类）中的几个基因。此对象中还有几个槽，用于存储与槽“数据”相关的信息。插槽“数据”在行中具有基因名称，在列中具有单元 ID，其中基因的表达式值对应于矩阵中的每个单元。我想根据唯一的基因名称删除整行，但将结果保留在对象中。

例子：

       Cell1 Cell2 Cell3  
GeneA2    5    9    2     
GeneA     3    1    0  
GeneA1    2    1    3

我想删除矩阵中的行 GeneA。

我尝试了以下但得到错误： -

object<-SubsetRow(object@data, "GeneA", invert = TRUE)

和

GeneA<-grep(pattern = "^GeneA$", x = rownames(x = object@data), value = TRUE)
object@data<- object@data[!GeneA,]
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2 回答 2

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假设您正在使用类似于 os 与 Seurat 包一起加载的 pbmc_small 数据对象。查看?SubsetRow帮助页面上的示例：

# Installing the package:Seurat does install quite a few additonal packages
library(Seurat)
cd_genes <- SubsetRow(data = pbmc_small@raw.data, code = 'CD')
str(cd_genes)
#=================
Formal class 'dgTMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots
  ..@ i       : int [1:209] 0 5 6 9 5 8 9 10 15 5 ...
  ..@ j       : int [1:209] 0 0 0 0 1 1 1 1 1 2 ...
  ..@ Dim     : int [1:2] 16 80
  ..@ Dimnames:List of 2
  .. ..$ : chr [1:16] "CD79B" "CD79A" "CD19" "CD180" ...
  .. ..$ : chr [1:80] "ATGCCAGAACGACT" "CATGGCCTGTGCAT" "GAACCTGATGAACC" "TGACTGGATTCTCA" ...
  ..@ x       : num [1:209] 1 4 1 2 4 2 2 1 1 4 ...
  ..@ factors : list()
 #===========
rownames(x = cd_genes@data)

行名中的错误（x = cd_genes@data）：类“dgTMatrix”的这个对象没有名称“数据”的槽

所以该对象中没有@data 插槽

相反，只需在 cd_genes 上使用行名：

rownames(x = cd_genes)
 [1] "CD79B"   "CD79A"   "CD19"    "CD180"   "CD200"   "CD3D"    "CD2"     "CCDC104" "CD3E"   
[10] "CD7"     "CD8A"    "CD14"    "CD1C"    "CD68"    "CD9"     "CD247"

所以这会从该对象中删除名称“CD200”：

> object<-SubsetRow(pbmc_small@raw.data, code="^CD200$", invert = TRUE)
> str(object)
Formal class 'dgTMatrix' [package "Matrix"] with 6 slots
  ..@ i       : int [1:4453] 1 5 8 11 22 29 32 33 35 37 ...
  ..@ j       : int [1:4453] 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
  ..@ Dim     : int [1:2] 229 80
  ..@ Dimnames:List of 2
  .. ..$ : chr [1:229] "MS4A1" "CD79B" "CD79A" "HLA-DRA" ...
  .. ..$ : chr [1:80] "ATGCCAGAACGACT" "CATGGCCTGTGCAT" "GAACCTGATGAACC" "TGACTGGATTCTCA" ...
  ..@ x       : num [1:4453] 1 1 3 1 1 4 1 5 1 1 ...
  ..@ factors : list()
> "CD200" %in% rownames(object)
[1] FALSE
> "CD200" %in% rownames(pbmc_small@raw.data)
[1] TRUE

-objects 中有一个-nameddata插槽，Seurat但是一旦您将其提取出来，该对象中就不再有data-slot：

slotNames(pbmc_small)
 [1] "raw.data"     "data"         "scale.data"   "var.genes"    "is.expr"      "ident"       
 [7] "meta.data"    "project.name" "dr"           "assay"        "hvg.info"     "imputed"     
[13] "cell.names"   "cluster.tree" "snn"          "calc.params"  "kmeans"       "spatial"     
[19] "misc"         "version"  

 slotNames(pbmc_small@data)
[1] "i"        "p"        "Dim"      "Dimnames" "x"        "factors"

根据评论，问题的沟通似乎不完整。如果问题是如何修改现有的插槽值，那么只需@<-按照此处的示例使用：

pbmc_small2 <- pbmc_small
pbmc_small2@data <- SubsetRow(data = pbmc_small@data, code = 'CD')

但是，我不确定它是否安全。插槽的尺寸@data现在与插槽的尺寸不同@raw.data，其他功能可能不匹配，尽管我对该结构的了解不够多，无法确定。使用 S4 对象的安全方法是依赖包作者提供的功能，而不是使用像插槽这样的低级东西。显然，他们希望您能够从稀疏矩阵中进行子集化，但他们是否希望您将它们分配回插槽并不那么清楚。

于 2018-01-11T17:26:53.973 回答
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试试下面的命令？

keep= c(!rownames(object) %in% c("GeneA")) object <- subset(x = object,features =c(1:(dim(object)[1]))[keep])

于 2019-10-16T09:29:31.130 回答