问题标签 [ggsave]

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r - 使用 ggplot_build 和 ggplot_gtable 后使用 ggsave 保存图形

我正在通过更改 ggplot_build 生成的数据来修改使用 ggplot 构建的图形(原因类似于在 geom_boxplot 中填充美学中使用的包含缺失因子级别的空间)。据我了解我在这个主题上找到的帮助,我应该能够在调用 ggsave 之前应用 ggplot_gtable 和arrangeGrob 来保存结果(将grid.arrange() plot to file 保存)。

然而,我得到一个错误“情节应该是一个ggplot2情节”,也有这个简单的可复制的例子:

谁能解释为什么这不起作用?有没有办法在使用 ggplot_build() 修改数据后使用 ggsave ?

(我的包版本是gridExtra_0.9.1和ggplot2_0.9.3.1)

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r - R ggplot,删除 ggsave/ggplot 中的白边

如何删除ggsave中的白边?

我的问题与Remove white space (ie, margins) ggplot2 in R 完全相同。但是,那里的答案对我来说并不理想。我不想对固定但未知的纵横比进行反复试验,而是想给出ggsave一个height并且weight希望我的情节(即标题顶部到 x 标签底部)自动扩展到该配置而没有白边距。

如何删除 .png 周围的奇怪白边(用 r、ggplot 绘制)?height提供了一种使边距透明的方法,但它们仍然存在并且绘图小于width我在保存的文件中设置的。

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r - Extrafont 和 ggsave:字符在另一个之上

我目前正在尝试在我的所有情节中使用 Arial.ttf。我在网上找到了几本关于字体的手册,但是当我尝试通过 ggsave 和默认设备保存花盆时遇到了问题。

最小的工作示例

我正在运行以下最小工作示例来重现此错误:

这会产生以下(正确的)PNG 图像:

正确的宋体图 正确的小丑情节

然而,Arial PDF 将所有字符堆叠在一起(Jokerman PDF 呈现正确):

杂乱的情节

警告输出

此脚本会生成以下警告消息。

会话信息

我现在的sessionInfo()

尝试的解决方案

  • 我尝试了几种重命名生成的 AMF 文件的方法,但均无济于事
  • 我认为也许我的源文件的编码可能很重要,所以我将其更改为 UTF-8(没有更改)
  • 多次重置 extrafontdb
  • 多次重新安装ghostscript

解决方法

我目前有两种解决方法,但是,出于便携性考虑,我更喜欢使用 R 或 ggplot 中配置的“本机”PDF设备

  1. 将 cairo_pdf 指定为设备(这可能会导致输出出现次要问题或某些绘图的渲染略有不同)。PDF 很好,那么这是否指向默认 PDF 设备中的错误?
  2. 使用 PNG/位图输出(我想在打印中使用绘图,所以首选矢量输出)
  3. 默认使用 ArialMT 依赖 R。我不确定 ArialMT 是否与我的(Latex)文档中使用的字体完全相同,所以我想明确指定字体。
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r - ggsave mac .png 忽略大小

在我的 Macbook Pro 上,2015 年初,运行 High Sierra(如果这很重要) - 似乎 ggsave 忽略了我的 .png 文件的图像宽度和高度规范。我在运行 Windows 的机器上没有这个问题。这是一个可重现的小例子,但同样,如果您运行的是 Windows,则不会出现此问题:

如果这是问题,有没有办法用 ggsave 解决这个问题?如果没有,有人可以建议另一种方法来保存具有特定大小的绘图以添加到带有 xlsx 包的工作簿中,该包可以在 Mac 和 Windows 机器上运行?

提前感谢您的帮助!

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r - ggsave 不在 svg 文件中保存网格线

我正在尝试在 R 中使用具有特定主要和次要网格线大小的 ggplot 保存箱线图。如果我保存为 pdf 或 png 我没有问题,但是当保存到 svg 时(在这种情况下我需要这样做),行的大小不会被保存。请让我知道我可能需要提供哪些其他信息(该死的吉姆,我是生物学家,而不是计算机科学家)。感谢您提供的任何帮助。

我希望它看起来像这样: png 图像

在此处输入图像描述

但是当我将它保存为 svg 时,它看起来像这样: svg image

在此处输入图像描述

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r - 无法在带有 cairo_pdf 的表达式中保存带有变音符号的 ggplot

我想用 ggplot 创建一个情节并用ggsave(). 作为我使用的设备cairo_pdf,因为我想嵌入字体。问题是,如果情节包含变音符号,我可以在 RStudio 中很好地创建情节,但如果我想保存它,我会收到以下错误:

grid.Call.graphics(C_text, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y, 中的错误:此系列/设备的度量信息不可用

这是一个演示问题的简短示例。该问题似乎是由变音符号和使用label_parsed.

这是我的会话信息:

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r - 在for循环期间在R中检索Seurat对象名称

我正在研究 Seurat 上的单细胞 rna-seq,我正在尝试在 Seurat 对象上创建一个 for() 循环,以绘制几个平均基因表达的热图。

ggsave 行不起作用,因为它将 i 作为 seurat 对象。因此我的问题是:如何让 ggsave() 使用存储在“i”中的我的 seurat 对象的名称?

我尝试了 substitute(i) 和 deparse(substitute(i)) 没有成功。

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r - 无法从闪亮下载 .png 文件

我正在尝试为我的直方图创建一个下载按钮。我的下载按钮可见,但似乎无法正确下载。它总是下载 .htm 文件而不是 .png 文件。我在我的 server.R 中使用 ggsave 命令。我尝试使用更传统的方法,但这似乎也不起作用。

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r - ggsave 创建一个空的 png 文件

我正在尝试保存使用以下代码创建的绘图,但始终得到一个空的 .png 文件。我重用了一些现有代码来创建绘图,并导入 tidyverse 以访问许多函数,包括 ggsave()。为什么 ggsave() 不创建带有散点图和重叠线的 png 文件,这两者都在我的 Rstudio 图形窗口中可见?为什么它却始终创建一个空的 .png 文件?我究竟做错了什么?

真挚地

托马斯飞利浦

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r - 防止在使用 ggsave() 的函数时生成 Rplot.emf

我编写了一个函数作为包装器ggsave(),将绘图保存为 EMF(用于 PowerPoint)。

它接受一个 ggplot2 对象并使用该对象的名称保存一个 EMF 文件。问题是,每当我调用这个函数时,它还会在项目文件夹中保存一个名为 Rplot.emf 的文件。

如何防止此文件生成?