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我正在研究 Seurat 上的单细胞 rna-seq，我正在尝试在 Seurat 对象上创建一个 for() 循环，以绘制几个平均基因表达的热图。

for(i in c(seuratobject1, seuratobject2, seuratobject3)){
  cluster.averages <- data.frame(AverageExpression(i, features = genelist))
  cluster.averages$rowmeans <- rowMeans(cluster.averages)
  genelist.new <- as.list(rownames(cluster.averages))
  cluster.averages <- cluster.averages[order(cluster.averages$rowmeans),]
  HMP.ordered <- DoHeatmap(i, features = genelist.new, size = 3, draw.lines = T)
  ggsave(HMP.ordered, file=paste0(i, ".HMP.ordered.png"), width=7, height=30)

ggsave 行不起作用，因为它将 i 作为 seurat 对象。因此我的问题是：如何让 ggsave() 使用存储在“i”中的我的 seurat 对象的名称？

我尝试了 substitute(i) 和 deparse(substitute(i)) 没有成功。

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简短的回答：你不能。

长答案：使用substitute或类似的方法来尝试获取i's name 会给你... <code>i。（这与函数参数不同，其中substitute(arg)为您提供调用的参数表达式。）

您需要改用命名向量。理想情况下，您应该将 Seurat 对象放在一个列表中。但是要即时创建这样的列表，您可以使用get：

names = c('seuratobject1', 'seuratobject2', 'seuratobject3')

for(i in names) {
    cluster.averages <- data.frame(AverageExpression(get(i), features = genelist))
    # … rest is identical …
}

也就是说，我通常强烈反对使用get本地环境并将其视为数据结构。列表和向量被设计用于这种情况。

于 2020-05-18T14:30:43.060 回答