问题标签 [ggsave]

我正在使用 R 包 phytools 中的 phenogram() 函数沿相对时间 (x) 和表型轴绘制系统发育图，在本例中为年平均温度 (y)。它显示在绘图窗口中，但它似乎不作为绘图对象存在，我可以使用 ggsave 在外部将其保存为图像。

这是主要的代码和情节。如有必要，我可以提供一个最小可重现的示例，但它有很多代码，所以我希望这可能是一个非常容易和明显的解决方法。

使用plot = last_plot()保存而不是以前使用 ggtree 绘制的非表型树。将我的表形图分配给一个名为“tree_plot”的对象，然后在 ggsave 中调用它会产生错误：

Error: $ operator is invalid for atomic vectors

这似乎是因为当我将表形图分配给一个对象时，它只保存了树中每个物种的 x 和 y 坐标（即不是树拓扑、分支长度、轴标签、颜色等）。同样，使用png()不起作用——它只会产生一个点图，其中 x 和 y 坐标在 tree_plot 中列出。

有谁知道 R 在显示图表时理解我的表象图是什么类型的对象（如下所示），以及我如何保存它，而不是物理单击 RStudio 中的导出菜单？

这就是我要保存的情节的样子

对于我的数据列表（data_l）的每个元素，我得到了一个带有这个简单函数的图：

我固定在ggsave20 厘米的高度。但是，根据构面的数量，必须针对列表的每个元素调整绘图大小。

是否可以为“高度”定义一个函数来ggsave考虑 in 的rows数量facet_grid？（如果是 1 行，则为 10 厘米facet_grid，如果是 2 行，则为 20 厘米，...）

我想ggsave在 Windows 上在不离开 RStudio 的情况下在剪贴板中绘图。已经询问了基本 R graphics 的类似内容，但我想使用ggplot+ ggsave。

示例绘图操作：

当然，在文件资源管理器中导航到工作目录/plot.png，右键单击文件并复制它并不难，但这需要额外的点击和时间。

一种可能的策略可能是尝试然后通过system()调用复制到剪贴板，例如：

但是我很难找到正确的 windows 命令，至少在没有下载其他实用程序的情况下。由于 base RsavePlot()能够保存到剪贴板中，所以应该有一些方法可以做到这一点，对吧？

我已经严重依赖其他几个 SO 帖子，但似乎无法超越这个。以下是我使用过的参考资料：

在多个数据帧上使用定义的 ggplot 函数循环

在 R 中循环以创建和保存具有指定名称的一系列 ggplot2 图

我的目标是使用循环从数据框列表中保存每个饼图：“Sample_List”（这将更长）。不过，我不断收到此错误，并且很难过：

数据：

DZmix_SC1：

DZmix_5_SC：

DZmix_PL3：

这是我到目前为止所拥有的：

最终我想用一个有效的 ggsave 函数替换循环中的 print 函数......这是我的努力：

在此先感谢您的帮助！！

所以我用生存曲线做了一个ggplot。

)

我使用以下代码遇到了这个错误。

UseMethod（“grid.draw”）中的错误：没有适用于“grid.draw”的方法应用于“c（'ggsurvplot'，'ggsurv'，'list'）”类的对象

如果我不指定 plot 参数并且只保存默认的最新图，它工作正常。

我正在生成多面图 ( ggplot/ ggsave) 作为 SVG 文件，以在将转换为 PDF 的 WORD（Office 365、Windows 10）文档中使用。

作为 WORD 限制的一种解决方法，我希望将 SVG 尺寸增加 10 倍（例如，16.5 厘米的宽度变成 165 厘米，如后所述）。当我以正常尺寸（即 16.5 厘米）保存时，没有问题，但使用较大尺寸（即 165 厘米）时，SVG 文件会丢失绘图的细节和元素。

这是一个工作示例：

这产生（转换为位图，所以我可以上传它）：

此时 R 或 ggplot2 没有问题。导入WORD，一切看起来都很棒。

但是，当 WORD 文档导出为（或另存为或打印到）PDF 时，线条（区域的顶部边框）的粗细（大小）会增加。

这是由 WORD 引起的，它根据原始图像尺寸将最小线条粗细设置为 96 dpi 时的 1 个像素。建议的解决方案是将 SVG 尺寸设置为显着更大（即，因子 10 或 100），然后在将图像插入 WORD 后调整其大小。[ 1 ]

<SVG>您可以使用文本编辑器在 SVG 文件的标签中手动更改尺寸。我已经对此进行了测试，并且该解决方案有效。PDF 版本中的线条粗细显示正确，并且由于 SVG 文件是矢量图形，将尺寸乘以 10 甚至 100 不会影响文件大小（除了添加文本来设置尺寸，这是微不足道的）。

这是一个相对容易的修复；但是，最好省略手动修改步骤，只需将 SVG 保存为 R 中的较大尺寸。

下面应该保存 SVG 图的 10 倍大尺寸的版本（注意添加limitsize = FALSE是必要的，因为图像现在在任一尺寸上都大于 50 英寸）。

这不会按预期保存。生成的图像（再次转换为位图并缩放以供上传）如下所示：

缺少刻面条、轴标签/文本、网格线和 alpha 设置。

这是什么原因造成的？有没有更好的方法来缩放图像尺寸同时保留绘图的外观？

当我尝试使用 将 ggplot 保存到新目录时ggsave()，出现错误。

产生错误：

在 R Mardown 中使用officedown::rdocx_document时，Office Word 输出会将绘图包含为 .jpg 图像，尽管我希望自动以 .emf（增强的元文件）格式包含我的 R markdown 的绘图。

我知道使用该功能ggsave()，您可以将设备调整为 .emf，如下例所示：

有没有办法使用 officedown::rdocx_document 作为输出ggsave来更改RMarkdown (.Rmd) 中绘图的设备输出？

Measurements_l我有一个我曾经使用过的 df 列表lapply和一个function包含ggplot来绘制每个列表的列表：

使用最新的 R 版本（4.1.2），我遇到了一些问题：

ggsave 被包含在我的ggplot 功能中，我不知道如何解决这个问题。任何的想法 ？由于这个较新版本，我不想重写所有脚本中的所有函数。

此外，为什么不能再对 ggplot 对象使用“cm”单位？

可重复的示例（导致 4 个图表）

我有 2 个 ggplots：plot1 和 plot2

当我使用 R 在 R 中显示它们时：

我得到了重叠，但是当我想将这些重叠的图像保存为 PDF 时，这是不可能的：

有人知道方法吗？

也许用ggplot_add？

谢谢！