问题标签 [pymol]

这里说脚本应该在 pymol 命令行中使用。我想在阅读后使用循环输出许多距离。但我收到错误消息：

我的代码是：

嗨，我是 Python 和 PyMol 的完整初学者，但我在 Java 方面做了很多工作。我正在尝试将 pymol 模块（我认为它们称为模块或库）导入到我在 Eclipse 中的 python 程序中，但我不断收到错误“没有名为‘pymol’的模块”。是否需要添加一些代码来导入 pymol 或者我是否需要更改一些路径变量或其他东西......我想确保这段代码也可以在其他计算机上运行，​​所以希望我的问题的解决方案只是额外的代码，而不是进入我的系统并更改变量或路径。

在本教程中，有一个命令pymol.dccm(cij, pdb, type="launch")。但有人告诉我

我已经pymol在我的电脑上安装了。请问如何向R添加另一个搜索路径？

现在我认为pymol是bio3d. 但我已经安装bio3d并且其他命令可以工作（例如pdb <- read.pdb()）。但是为什么pymol命令不起作用？

我试过了

> .libPaths("path/to/pymol2/")

> .libPaths("path/to/pymol2/PyMOL")

所以.libPaths没有返回错误。但是pymol.dccm并PyMOLWin.dccm没有奏效。

我也尝试安装pymol包R

使用 PyMol，我可以使用 Action -> Find -> Polar Contacts 显示氢键。这会产生接触，但我想通过仅显示具有这些接触的残基而不是其他任何东西来清楚地显示它们（目前，由于蛋白质的其余部分，该视图非常不清楚）。

我想选择所有具有我发现的氢键的残基。我怎样才能做到这一点？

或者，有什么好方法可以显示口袋中两条链之间的氢键，以便它们清晰可见？

我正在编写一个需要使用 pymol 的程序，目前我只在代码中添加了“import pymol”。我正在尝试找到一种方法来避免出现错误“没有名为 pymol 的模块”。所以 pymol （现在可以与 python 3 一起使用）只能通过 conda （https://pymol.org/2/support.html）安装，虽然，当我点击链接时，这似乎是相同的安装蟒蛇2.7。我按照该链接，通过 conda 安装它，但 pymol 仅显示在我的 python 2.7 文件夹中。如果 pymol 开发人员说 pymol 应该在 python 3 上工作，我做错了什么吗？我以前在安装 vtk 时遇到过问题，但由于我认为它所在的路径，也没有找到它。我以某种方式修复了它，但pymol没有运气。任何帮助，将不胜感激。

PS你可能会说我是编程新手，所以请多多包涵。

我在 Linux 操作系统下编译了开源 PyMOL v2.2.0a0。

阅读这个网页并看到这个视频，我尝试了选择的“复制到对象/新”命令，在“编辑模式”下用鼠标独立移动它们，每次编辑后保存场景的状态，但我不能插值它们之间。

换句话说，我仍然无法理解如何实现像那个网页中显示的视频。

感谢您的关注，

此致

我有一个结构的卡通表示。在这个结构上，我想显示有色的主链氮。我试过了

选择 bb, name n 然后尝试通过表示和元素为 bb 着色

但是，不幸的是，似乎没有一个选项可以提供颜色。你能告诉我如何只给主链氮上色吗？

谢谢

I just started using PyMOL and Unix commands to look at .pdb files and I have a task that I want to perform, but I don't know exactly how to implement it.

You can find the task described below:

"Download this tar file and unpack it using the command line.

This file contains 271 .pdb files and I want to focus in on residues numbered 40-55 in all files using PyMOL from the command line.

Once those residues are focused in PyMOL, I want to save the images and export the snapshots to an html page/format."

I would like to do all this using piping in Unix. I have some of the basics down but I need help with some of the more complex tasks. Any help is greatly appreciated!

我用这个

例如

所以我想改变这个原子的二面体键

但是当我写：

我有

我正在使用从 PDB 下载的 5IVW。这有 5 个亚基；每个都有自己的残基编号——如果我为残基 1-100 着色，则有 5 组残基被着色。如果我用鼠标选择原子，我会看到子单元的标识：例如 5IVW/B/... ；即我已经选择了亚基 B 中的原子。但是我如何通过其内部名称选择亚基或 pymol 中的任何内容——这样我就可以为亚基 B 中的残基着色？该文档包含有关按原子、元素、残基等进行选择的大量信息。