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在本教程中，有一个命令pymol.dccm(cij, pdb, type="launch")。但有人告诉我

> pymol.dccm(cij, pdb, type="launch")
Error in pymol.dccm(cij, pdb, type = "launch") : 
  Launching external program failed
  make sure 'C:/python27/PyMOL/pymol.exe' is in your search path
In addition: Warning message:
running command 'C:/python27/PyMOL/pymol.exe -cq' had status 127

我已经pymol在我的电脑上安装了。请问如何向R添加另一个搜索路径？

现在我认为pymol是bio3d. 但我已经安装bio3d并且其他命令可以工作（例如pdb <- read.pdb()）。但是为什么pymol命令不起作用？

我试过了

> .libPaths("path/to/pymol2/")

> .libPaths("path/to/pymol2/PyMOL")

> .libPaths("path/to/pymol2/PyMOL/PyMOLWin.exe")

> pymol.dccm(cij, pdb, type="launch")
Error in pymol.dccm(cij, pdb, type = "launch") : 
  Launching external program failed
  make sure 'C:/python27/PyMOL/pymol.exe' is in your search path
In addition: Warning message:
running command 'C:/python27/PyMOL/pymol.exe -cq' had status 127 

> PyMOLWin.dccm(cij, pdb, type="launch")
Error: could not find function "PyMOLWin.dccm"

所以.libPaths没有返回错误。但是pymol.dccm并PyMOLWin.dccm没有奏效。

我也尝试安装pymol包R

> install.packages("pymol")
Warning in install.packages :
  package ‘pymol’ is not available (for R version 3.2.2)
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3 回答 3

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教程命令本身存在错误。dccm 的正确语法是

pymol(cij, pdb, type="launch",exefile="C:/Program Files/pymol")

系统上exefile = file path“PYMOL”程序的位置（即“PYMOL”是如何调用的）。如果为 NULL，则使用与操作系统相关的程序默认路径。

于 2020-05-02T18:17:08.020 回答
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试试下面的代码，它对我来说非常有效：

pymol(cm, pdb.open, type="launch", exefile="%userprofile%/PyMOL/PyMOLWin.exe")
于 2021-11-23T18:00:44.177 回答
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.libPaths("path/to/package/library")可能做你需要的。

.libPaths 获取/设置在其中查找包的库树。

使用包名设置目录的父目录的路径，而不是包目录本身。

于 2018-03-15T16:29:33.500 回答